年终奖扣除缺勤的计算方式需结合劳动合同、公司规章制度及法律规定综合判断，具体分以下情况处理：

1. 劳动合同或规章制度有明确约定
   若劳动合同、员工手册或公司规章制度中明确规定了“年终奖发放与出勤挂钩”，且该制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、公示等），则公司可按约定扣除缺勤部分。例如：

   • 约定“全年缺勤超过10天，年终奖按缺勤天数比例扣除”，则扣除金额=年终奖总额×（缺勤天数÷全年应出勤天数）；
     
   • 约定“缺勤1天扣发当月绩效部分年终奖”，则需按实际缺勤对应月份的奖金比例扣除。
     关键点：制度需合法有效（内容不违反法律强制性规定、程序合法），且员工已知悉并签字确认。

2. 无明确约定但公司单方扣除
   若公司无合法有效的制度依据，仅以“缺勤”为由单方扣除年终奖，可能涉嫌违法。根据《劳动合同法》第三十条，用人单位应按劳动合同约定足额支付劳动报酬，年终奖属于劳动报酬的一部分。此时员工可主张：

   • 要求公司补发被扣部分；
     
   • 若因扣除导致离职，可主张经济补偿金（需符合《劳动合同法》第三十八条、第四十六条情形）。
     

3. 缺勤性质影响扣除合法性

   • 合理缺勤：如病假、婚假、产假等法定带薪假，公司不得以此为由扣除年终奖；
     
   • 违规缺勤：如旷工、事假未获批等，公司可依据制度扣除，但扣除比例需合理（如与缺勤对工作的影响程度匹配）。
     

建议行动：

1. 核查劳动合同、员工手册中关于年终奖和缺勤的条款；
   
2. 若公司扣除无依据，可先与公司协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
   
3. 保留考勤记录、工资条、年终奖发放通知等证据。
   

如有具体案例或合同条款需要分析，可直接提供细节，我会进一步解答。