您好，关于个体工商户给注册老板发年终奖是否合法的问题，这主要取决于几个关键因素，包括是否有合同约定、制度规定以及发放的公平性和合理性。以下是我为您详细梳理的解答：
一、年终奖的法律性质
年终奖属于员工劳动报酬的一部分，但国家法律法规并未明确规定单位必须发放年终奖。年终奖的发放通常与单位的经营状况及员工表现密切相关，属于单位的自主权利。然而，这并不意味着单位可以随意决定年终奖的发放与否及发放金额。
二、年终奖的发放依据
合同约定：如果个体工商户与老板（或员工，若老板也参与经营并视为员工）在劳动合同中明确约定了年终奖的发放条件、金额等，那么个体工商户应当按照合同约定发放年终奖。
制度规定：如果个体工商户有制定关于年终奖的规章制度，并且该制度经过了民主程序制定并公示，那么年终奖的发放也应当遵循该制度的规定。
发放惯例：即使没有书面约定或制度规定，如果个体工商户每年都固定给老板（或员工）发放年终奖，且当年经营状况如前，老板（或员工）的工作表现符合往年标准，那么基于公平原则和诚实信用原则，老板（或员工）有权主张发放年终奖。
三、个体工商户给注册老板发年终奖的合法性分析
如果老板也是员工：若老板在个体工商户中实际参与经营并视为员工，且符合上述年终奖的发放依据（如合同约定、制度规定或发放惯例），那么个体工商户给老板发放年终奖是合法的。
如果老板不是员工：若老板并不在个体工商户中实际参与经营，而是作为投资者或所有者存在，那么通常意义上我们不会将给老板的“奖励”视为年终奖。在这种情况下，个体工商户给老板的“奖励”可能更接近于分红或利润分配，其合法性取决于个体工商户的盈利状况、合伙协议或公司章程等规定。但严格来说，这并不属于年终奖的范畴。
四、注意事项
公平合理原则：无论年终奖的发放依据是什么，个体工商户在发放年终奖时都应当遵循公平合理原则，避免出现选择性执行、独断专行等不合法行为。
书面确认与公示：对于年终奖的性质、发放条件等应当在劳动合同或规章制度中进行书面确认，并向员工履行公示或告知义务。
税务合规：年终奖作为劳动报酬的一部分，应当依法进行税务代扣代缴工作。
五、建议
明确约定：如果个体工商户打算给老板（或员工）发放年终奖，建议在劳动合同或规章制度中明确约定年终奖的发放条件、金额等。
民主程序：如果制定关于年终奖的规章制度，应当经过民主程序制定并公示，以确保其合法性和有效性。
咨询专业人士：对于复杂的薪酬和税务问题，建议咨询专业律师或税务师以获取更准确的法律意见和税务规划建议。
综上所述，个体工商户给注册老板发年终奖的合法性取决于多个因素，包括老板是否实际参与经营、是否有合同约定或制度规定等。在发放年终奖时，个体工商户应当遵循公平合理原则，并确保税务合规。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时咨询。