针对运输企业监控员不在岗这一问题，这是一个涉及道路运输安全的重要管理环节，必须给予高度重视。以下是我为您提供的详细处理建议：
一、立即纠正与记录
- 发现监控员不在岗时，应立即安排其他合格人员顶替或通知监控员尽快返岗，确保监控工作的连续性。
- 详细记录监控员不在岗的时间、原因及处理情况，包括通知时间、返岗时间、顶替人员信息等，以备后续核查。
二、内部调查与整改
- 对监控员不在岗的原因进行深入调查，了解是个人原因、工作安排问题还是其他特殊情况。
- 根据调查结果，制定相应的整改措施。如果是个人原因，应对监控员进行批评教育或相应处罚；如果是工作安排问题，应调整工作安排，确保监控岗位有人值守；如果是设备故障等特殊情况，应立即修复设备并加强日常维护。
三、加强培训与教育
- 对监控员进行定期培训，提高其责任意识和业务能力，确保能够熟练掌握监控系统的操作和使用。
- 加强安全教育，让监控员充分认识到监控工作的重要性，以及不在岗可能带来的安全隐患和法律责任。
四、完善制度与监督
- 建立健全监控岗位管理制度，明确监控员的职责、工作时间、交接班制度等，确保监控工作有章可循。
- 加强内部监督，定期或不定期对监控岗位进行检查，确保监控员在岗在位、认真履职。
- 鼓励员工举报，对于发现监控员不在岗或其他违规行为的员工，给予一定的奖励和保护，形成良好的内部监督氛围。
五、法律后果与应对
- 了解相关法律法规，如《道路运输车辆动态监督管理办法》等，明确运输企业监控员不在岗可能面临的法律责任和处罚。
- 如果因监控员不在岗导致安全事故或违法行为发生，运输企业应积极配合相关部门的调查处理，承担相应的法律责任，并采取措施防止类似事件再次发生。
六、案例借鉴与警示
- 借鉴类似案例，如您提供的咸宁交通运输领域安全生产执法典型案例和赣榆区交通运输综合行政执法大队查处的案件，了解其他运输企业在监控员管理方面的经验和教训。
- 加强警示教育，将类似案例作为内部培训的内容，让监控员和其他员工充分认识到不在岗的严重性和后果，增强他们的责任感和紧迫感。
综上所述，运输企业监控员不在岗是一个需要高度重视的问题。运输企业应立即纠正、深入调查、加强培训、完善制度、了解法律后果并借鉴案例进行警示教育，以确保监控工作的有效性和道路运输的安全。