结论前置：在公对公的项目打款中，项目合同里是可以写入居间协议相关内容的，但需注意确保其合法性与合规性，并明确各方权利义务。
详细分析：
居间协议的法律基础：
- 居间协议，在法律上通常被理解为居间合同，即居间人向委托人报告订立合同的机会或者提供订立合同的媒介服务，委托人支付报酬的合同。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，居间合同是合法且受保护的合同类型之一。
公对公项目打款中的居间协议：
- 在公对公的项目打款中，如果涉及居间服务，即一方（居间人）为另外两方（委托人和第三人）提供订立合同的机会或媒介服务，并因此收取报酬，那么完全可以在项目合同中明确居间协议的相关内容。
- 这包括但不限于居间服务的范围、报酬的支付方式和标准、居间人的权利和义务、违约责任等。
合法性与合规性：
- 写入居间协议时，必须确保其内容合法合规，不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、社会公共利益或第三人的合法权益。
- 例如，居间报酬的支付不得违反反不正当竞争法或相关行业规定，不得构成商业贿赂等违法行为。
明确各方权利义务：
- 在项目合同中写入居间协议时，应明确各方（委托人、居间人、第三人）的权利和义务，以避免未来可能出现的纠纷。
- 这包括居间服务的具体内容、完成标准、报酬支付条件和时间、违约责任和争议解决方式等。
实际操作建议：
- 在签订包含居间协议的项目合同时，建议各方充分协商，明确各自的需求和期望，确保合同条款的公平性和合理性。
- 如有必要，可以聘请专业律师对合同进行审查，以确保其合法性和有效性。
可能遇到的法律后果：
- 如果居间协议内容违法或违规，可能导致合同无效或部分无效，甚至可能引发法律责任。
- 如果居间协议条款不明确或存在歧义，可能导致各方在履行过程中产生纠纷，影响项目的顺利进行。
总结与建议：
- 在公对公的项目打款中，项目合同里可以写入居间协议相关内容，但需确保其合法性与合规性，并明确各方权利义务。
- 如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供专业的法律意见。