工程承包合同无效后，并不意味着所有条款都无效。具体分析如下：
合同无效的一般原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同无效的情形主要包括：无民事行为能力人实施的民事法律行为、以虚假的意思表示实施的民事法律行为、违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为（但该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外）、违背公序良俗的民事法律行为，以及行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为。
- 当工程承包合同因上述原因被认定为无效时，合同自始没有法律约束力，但这并不意味着合同中的所有条款都无效。
合同无效后的条款效力：
- 无效条款：那些违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗的条款，在合同无效后自然也是无效的。例如，合同中约定的非法转包、违法分包条款，或者约定低于成本价承包的条款等。
- 有效条款：合同中独立存在的有关解决争议方法的条款，如仲裁条款或选择管辖法院的条款，通常仍然有效。此外，如果合同中有关于结算和清理的条款，这些条款在合同无效后也可能继续有效，以便双方能够妥善处理合同终止后的相关事宜。
实际案例与法律后果：
- 在实际案例中，法院会根据合同的具体内容、双方的行为以及相关法律法规的规定，来判断哪些条款是无效的，哪些条款是有效的。
- 如果合同无效是由于一方或双方的过错导致的，那么过错方可能需要承担相应的法律责任，如赔偿对方因此遭受的损失。
建议与注意事项：
- 对于工程承包合同的双方来说，在签订合同时应确保合同内容合法合规，避免包含无效条款。
- 如果合同被认定为无效，双方应积极协商解决争议，并妥善处理合同终止后的相关事宜，如结算工程款、返还财产等。
- 在必要时，双方可以寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。
总结来说，工程承包合同无效后，并不意味着所有条款都无效。合同中的无效条款将自始没有法律约束力，但独立存在的解决争议方法的条款以及结算和清理的条款等可能仍然有效。因此，在处理合同无效后的相关事宜时，双方应仔细审查合同内容，并根据实际情况和法律法规的规定来妥善处理。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。