结论：员工辞职信中写了“双方互不追究法律责任”，并不意味着公司完全不能追究员工的民事责任。具体能否追究，需根据员工的具体行为及法律规定来判断。
分析如下：
辞职信中的“互不追究”条款效力：
- 辞职信中的“双方互不追究法律责任”条款，属于双方自愿达成的协议。然而，这种协议的效力并非绝对，它不能违反法律法规的强制性规定，也不能损害国家、集体或第三人的利益。
- 如果员工在职期间存在违法行为，如职务侵占、泄露商业秘密等，这些行为已经构成了对公司的侵权或违约，即使辞职信中有“互不追究”的条款，公司仍有权依法追究员工的法律责任。
公司可追究的民事责任类型：
- 违反保密协议或竞业限制协议：如果员工在职期间与公司签订了保密协议或竞业限制协议，并在离职后违反了这些协议，公司有权追究其违约责任，并要求赔偿经济损失。
- 职务侵占或不当得利：如果员工离职前利用职务之便侵占公司财物或资金，或离职时多领取了工资、奖金等应退还给公司的财物，公司有权要求返还并赔偿损失。
劳动仲裁时效：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，公司需在此时效期内提出劳动仲裁申请，否则可能丧失通过法律途径追究员工责任的权利。
实际操作建议：
- 对于公司而言，如果发现员工在职期间存在违法行为，应及时收集相关证据，并在法律规定的时效期内通过合法途径维护自身权益。
- 对于员工而言，即使辞职信中有“互不追究”的条款，也应遵守法律法规和与公司的相关约定，避免不必要的法律纠纷。
总结与建议：
辞职信中的“双方互不追究法律责任”条款并不能完全免除员工可能承担的法律责任。公司应根据员工的具体行为及法律规定来判断是否能追究其民事责任，并及时采取措施维护自身权益。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。