结论前置：员工被开除时，经济补偿金的计算是按照应发工资来进行的，而非实发工资。
法律依据与解析
主要法规依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条的规定，劳动合同法第四十七条所述的经济补偿月工资应按照劳动者应得工资计算，这包括了计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等所有货币性收入。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条也明确指出，经济补偿金的计算是基于劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，此处的“平均工资”指的是应发工资。
应发工资与实发工资的区别：
- 应发工资：是劳动者在正常提供劳动的情况下，用人单位应支付的全部劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等，是在任何税费和其他扣款之前的总额。
- 实发工资：是劳动者实际收到的工资，即应发工资扣除个人所得税、社会保险费个人缴纳部分、住房公积金个人缴纳部分以及其他可能的扣款（如迟到罚款等）后的净额。
为何采用应发工资计算经济补偿金：
- 应发工资能更全面、真实地反映劳动者的收入状况，因为它包含了所有货币性收入，体现了劳动者的劳动价值。
- 实发工资由于扣除了多项费用，不能准确体现劳动者的完整收入情况，因此不适合作为经济补偿金的计算基础。采用应发工资计算，能够确保劳动者在获得经济补偿时，其权益得到充分保障。
具体计算示例与公式
假设员工小李在劳动合同解除或终止前12个月的应发工资总额为72000元（即每月6000元），那么他的经济补偿金计算如下：
- 工作年限：假设小李工作了3年。
- 经济补偿金计算：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。因此，小李应获得的经济补偿金为3个月工资，即6000元/月 × 3月 = 18000元。
若小李的月应发工资高于当地上年度职工月平均工资的三倍，那么经济补偿金的支付标准将按照职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
特殊情况下的处理
- 如果劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的月平均工资低于当地最低工资标准，那么在计算经济补偿时，应当按照当地最低工资标准计算。
- 如果劳动者工作不满12个月，则按照实际工作的月数计算平均工资。
地方政策与进一步咨询
虽然国家层面的法律法规已明确规定了经济补偿金的计算方式，但具体执行时还需考虑当地的相关法律法规及政策。不同地区可能会有一些细微的差别或补充规定。因此，在处理具体案件时，建议结合当地的具体政策进行操作。
总结与建议：员工被开除时，经济补偿金的计算是按照应发工资来进行的。这一规定既符合法律法规，也能更全面地保障劳动者的权益。在处理此类问题时，建议仔细审查劳动合同和相关法律法规，确保自己的权益得到充分保障。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。