员工离职补偿金通常是按照应发工资来计算的。以下是对这一问题的详细解答：

一、离职补偿金计算依据

1. 应发工资的定义：

   • 应发工资是指劳动者在提供正常劳动的情况下，用人单位依据劳动合同约定或法律规定应当支付给劳动者的全部劳动报酬。
   • 它包含基本工资、奖金、津贴、补贴等项目，是未扣除社保、公积金个人缴纳部分以及个人所得税等费用前的工资总额。

2. 实发工资与应发工资的区别：

   • 实发工资是在应发工资基础上，扣除了各类代扣款项（如社保、公积金、个税等）后的实际到手工资。
   • 离职补偿金以应发工资为计算基数，能更全面地反映劳动者的实际劳动价值和收入水平。

3. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
   • 这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，且此工资应按照应发工资计算。

二、离职补偿金计算实例

假设某劳动者月应发工资为8000元，扣除各项费用后实发6000元。在计算离职补偿金时，应以8000元为基数，而不是6000元。

三、离职补偿金的相关税务处理

• 个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入，在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税。
• 超过3倍数额的部分，不并入当年综合所得，而是单独适用综合所得税率表进行计算并依法纳税。

四、总结

综上所述，员工离职补偿金是按照应发工资来计算的，这不仅能更全面地反映劳动者的实际劳动价值和收入水平，也符合相关法律规定。在办理离职补偿时，用人单位应严格按照法律规定进行操作，确保劳动者的合法权益得到保障。