未批先征有使用权争议的耕地程序显然不合法。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、未批先征的违法性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，国家征收土地必须依照法定程序批准后，由县级以上地方人民政府予以公告并组织实施。这意味着，未经批准擅自征收土地是违法的。
法律后果：
- 未批先征的行为可能面临行政处罚，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状等。
- 如果情节严重，构成犯罪的，还可能依法追究刑事责任。
二、使用权争议对征收程序的影响
争议解决前置：
- 在土地征收过程中，如果存在使用权争议，应当先解决争议，再行征收。这是因为使用权争议直接关系到土地权属的明确性，而权属明确是征收程序合法性的前提。
争议解决方式：
- 使用权争议可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在争议解决期间，征收程序应当暂停，以确保争议的公正解决和土地权属的明确。
三、未批先征且存在使用权争议的综合违法性
双重违法：
- 未批先征本身已经违反了土地管理法的规定，而在此基础上还存在使用权争议，则进一步加剧了违法性。这种行为不仅损害了土地使用者的合法权益，也破坏了土地管理秩序。
法律责任：
- 对于未批先征且存在使用权争议的行为，相关责任人员可能面临更严重的法律责任。除了上述的行政处罚和刑事责任外，还可能承担民事赔偿责任，赔偿因违法行为给土地使用者造成的损失。
四、建议与措施
立即停止违法行为：
- 如果发现存在未批先征且存在使用权争议的情况，应当立即停止违法行为，避免进一步损害土地使用者的合法权益和破坏土地管理秩序。
依法解决争议：
- 通过合法途径解决使用权争议，确保土地权属的明确性。这有助于为后续的征收程序提供合法依据。
寻求法律帮助：
- 如果遇到复杂的法律问题或争议无法解决，建议及时咨询专业律师，如我本人南辉，擅长刑事辩护和拆迁安置领域，可以为你提供专业的法律意见和帮助。
综上所述，未批先征有使用权争议的耕地程序是不合法的。相关责任人员应当立即停止违法行为，依法解决争议，并寻求法律帮助以维护自身合法权益。如果你有任何关于征地拆迁的法律问题，可以直接向我咨询。