宠物店无照经营，主要由市场监督管理部门进行管理。以下是详细分析：
市场监督管理部门：
- 职责范围：市场监督管理部门是负责监管市场交易行为、商品质量及经营资质等的主要部门。对于宠物店无照经营的情况，市场监督管理部门有权进行查处，并要求其立即停止违法行为，补办相关证照，或根据情节轻重处以罚款等行政处罚。
- 法律依据：根据《无证无照经营查处办法》等相关法律法规，任何单位或者个人不得违反法律、法规、国务院决定的规定，从事无证无照经营。市场监督管理部门在发现无照经营行为时，有权依法进行查处。
- 投诉渠道：若您发现宠物店存在无照经营的情况，可以通过拨打12315热线电话或使用全国12315平台（https://www.12315.cn/）进行在线投诉、举报。
其他可能涉及的部门（虽非直接管理无照经营，但在特定情况下可能介入）：
- 农业农村部门：如果宠物店涉及动物诊疗活动，且未取得相应资质，农业农村部门将负责监督和管理。但这一职责主要针对的是动物诊疗活动的合法性，而非直接针对无照经营。
- 城市管理部门：城市管理部门主要处理店外经营、环境卫生及噪音扰民等问题。如果宠物店的无照经营行为导致了店外经营、环境卫生问题或噪音扰民，城市管理部门可能会介入处理。但同样，这并非直接针对无照经营的管理。
- 公安部门：公安部门主要负责处理涉及安全的问题，如宠物咬伤等。如果宠物店的无照经营行为导致了安全事故，公安部门将负责调查和处理。但这与无照经营行为的直接管理无关。
法律建议：
- 如果您发现宠物店存在无照经营的情况，建议首先向市场监督管理部门进行投诉和举报，以便其依法进行查处。
- 在投诉时，请尽量提供详细的证据材料，如宠物店的照片、地址、经营时间等，以便市场监督管理部门能够更准确地定位和处理问题。
- 如果您在宠物店消费过程中遇到了其他问题，如商品质量问题、服务不专业等，也可以根据具体情况向相关部门进行投诉和举报。
总结：宠物店无照经营主要由市场监督管理部门进行管理。在发现此类情况时，建议您及时向市场监督管理部门进行投诉和举报，并提供详细的证据材料，以便其依法进行查处。同时，也建议您在选择宠物店时多加谨慎，选择有资质、信誉良好的商家进行消费。如果您还有其他法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。