关于企业年终奖金在请病假时是否会被扣除的问题，这主要取决于您所在企业的规章制度以及这些规定是否合法合理。以下是对此问题的详细分析：
一、企业规章制度的重要性
企业有权依法制定包括年终奖发放在内的各项规章制度，并自主确定工资分配方式和水平。这意味着，如果企业在其规章制度中明确规定了请病假与年终奖扣除的关联，并且这些规定已经履行了民主程序（如经过职工代表大会讨论通过）并已向员工公示，那么企业可能会依据这些规定来扣除年终奖。
二、病假与年终奖的合理关联
年终奖性质：年终奖通常是对员工一年工作业绩的肯定，基于绩效考核结果发放。因此，员工的出勤情况和工作表现可能会影响年终奖的发放。
病假影响：员工请病假期间，可能无法正常履行工作职责，从而影响工作业绩和绩效考核结果。企业可能会根据员工的实际出勤情况和工作表现来调整年终奖。
合理性原则：即便规章制度中有相关规定，企业在扣除年终奖时也应遵循合理性原则。对于因严重疾病需要长时间治疗休息的员工，企业应给予适当照顾，避免过度扣除。
三、法律约束与保障
法律底线：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，企业不得克扣或无故拖欠员工工资，包括年终奖。扣除年终奖必须有明确的规章制度依据，且金额必须合理。
特殊情形保护：对于处于医疗期内的员工，企业应支付病假工资或疾病救济费，并不得大幅不合理地扣除年终奖。
四、员工应对建议
了解规章制度：在请假前，详细了解并遵守企业的规章制度中关于年终奖的规定。
保留医疗证明：请病假时，确保提供正规的医疗证明等相关材料，以证明请假的合理性。
沟通协商：如果发现自己的年终奖被扣除，且认为这一行为不合理不合法，可以先与企业进行协商沟通，寻求解决方案。
维权途径：若协商不成，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
五、企业操作建议
明确规章制度：企业在制定规章制度时，应明确年终奖的发放条件和扣除标准，并确保这些内容合法、合理、透明。
加强宣传培训：加强对员工的宣传和培训，让员工了解并遵守相关规定，避免不必要的纠纷。
建立沟通机制：建立有效的沟通机制，及时解答员工关于年终奖扣除的疑问，增强员工的信任感和满意度。
综上所述，企业年终奖金在请病假时是否会被扣除，主要取决于企业的规章制度以及这些规定是否合法合理。员工应了解自己的权益和维权途径，必要时寻求法律帮助；企业也应制定合法合理的规章制度，并加强宣传和培训，以维护良好的劳动关系。