结论：年终奖按十三薪发放时，若员工休了产假，是否会被扣除，主要取决于公司规章制度、劳动合同的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度与劳动合同约定：

   • 若公司规章制度或劳动合同中明确规定了年终奖（包括十三薪）的发放条件，且这些条件与员工的出勤情况、工作表现等挂钩：那么，如果员工在休产假期间未满足这些条件，公司可能会根据规章制度或合同约定扣除或调整年终奖。但这种情况需要规章制度或合同条款本身合法合理，且已向员工明确告知。
   • 若公司规章制度或劳动合同中未明确规定年终奖的发放条件，或者规定与产假无关：则公司通常不能仅因员工休产假而扣除其年终奖。产假是法律赋予员工的权利，公司应保障员工在产假期间的合法权益，包括与工资、福利相关的权益。

2. 相关法律法规的规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工在产假期间享有与在岗期间相同的工资福利待遇（除特殊情况外，如基本工资与绩效工资的区分等）。年终奖作为员工工资福利的一部分，原则上也应受到保护。
   • 如果公司以员工休产假为由扣除年终奖，可能涉嫌违反法律法规，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。

3. 实际操作中的建议：

   • 对于员工：在入职时，应仔细阅读公司规章制度和劳动合同，了解年终奖的发放条件和方式。如果对公司规定有疑问或不满，应及时与公司沟通协商。在休产假前，也可以与公司确认年终奖的发放情况，避免后续纠纷。
   • 对于公司：应制定合法合理的规章制度，明确年终奖的发放条件和方式，并向员工充分告知。在处理员工休产假期间的年终奖问题时，应遵循法律法规的规定，保障员工的合法权益。

举例说明：假设某公司规章制度中规定，年终奖（十三薪）的发放与员工全年出勤情况挂钩，若员工全年出勤率低于90%，则年终奖减半发放。若某员工因休产假导致全年出勤率低于90%，则公司可能根据规章制度扣除其部分年终奖。但若公司规章制度中未规定出勤率与年终奖的挂钩关系，或规定与产假无关，则公司不能因员工休产假而扣除其年终奖。

进一步思考：如果员工认为公司扣除年终奖的行为违法或不合理，可以首先与公司协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。在处理此类纠纷时，员工应保留好相关证据，如公司规章制度、劳动合同、工资条等，以便维护自己的合法权益。

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