当交通执法部门，如交警，在巡查过程中发现非法运输车辆时，他们会依据相关法律法规进行一系列严格且有序的现场执法和后续处理流程，以确保道路运输市场的秩序和安全。以下是对这一处理流程的详细解释：
现场执法流程
拦截与停车：
- 交警在发现涉嫌非法运营的车辆后，会使用规范的指挥手势示意车辆安全靠边停车，以便进行进一步的检查。这一步骤旨在确保执法过程不会对道路通行安全造成影响。
身份表明与证件核查：
- 交警会向驾驶员出示执法证件，明确自己的执法身份和权限。
- 随后，他们会要求驾驶员出示驾驶证、行驶证以及可能的运营许可等相关证件，以核实这些证件的有效性和真实性。
调查取证：
- 交警会通过询问驾驶员和乘客，了解车辆运营的具体情况，如是否收费、费用金额、行程的起止点等。
- 同时，他们会利用执法记录仪、摄像头等设备记录现场情况，收集确凿的视听资料作为证据，以支持后续的执法行动。
法律文书开具与车辆暂扣：
- 如果交警初步认定车辆存在非法运营行为，他们会开具《违法行为处理通知书》，明确告知当事人涉嫌的违法行为、违反的法律条款以及他们享有的权利。
- 根据具体情况，交警还有权依法暂扣非法运营车辆，并出具《暂扣车辆凭证》，详细说明暂扣的理由、期限以及车辆的停放地点。
后续处理措施
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规，未取得道路运输经营许可擅自从事道路运输经营的，将面临责令停止经营、没收违法所得以及罚款等处罚。罚款金额通常为违法所得的2倍以上10倍以下，或者在没有违法所得的情况下，处以3万元以上10万元以下的罚款。
- 在实际执法中，交警通常会将案件移交交通运管部门进行进一步的调查和处理。运管部门在核实证据后，会依法作出行政处罚决定，当事人需要按照规定的期限缴纳罚款。
教育整改：
- 除了行政处罚外，交警还会对非法运营的驾驶员进行交通安全和法律法规的教育，强调非法运营的危害性和违法性。
- 他们还会要求驾驶员进行整改，并承诺不再从事非法运营活动。
车辆发还：
- 在当事人履行完处罚决定后，他们可以凭缴费凭证和相关证明材料到指定地点办理车辆发还手续。
- 在车辆被暂扣期间，执法部门会妥善保管车辆，确保车辆不受损坏。
刑事责任追究：
- 如果非法运营行为构成犯罪，如涉及危险驾驶、交通肇事等严重违法行为，那么相关责任人将依法被追究刑事责任。
注意事项
- 需要注意的是，不同地区对于非法运营的具体认定和处罚标准可能存在差异。因此，在处理具体案件时，应以当地法律法规和相关政策为准。
- 作为车主和驾驶员，我们应该严格遵守相关法律法规，避免从事非法运营活动，以免面临法律制裁和不必要的经济损失。
综上所述，交通执法部门对非法运输车辆的处理是严格依法进行的，旨在维护道路运输市场的秩序和安全。同时，也提醒所有道路参与者要增强法律意识，共同营造一个安全、有序的道路运输环境。