针对您提出的“非法运输车辆如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、非法运输车辆的定义与概述
非法运输车辆，通常指的是未依法取得营运权而实施营运行为的车辆，即未按规定领取有关主管部门核发的营运证件或超越核定范围进行经营。此类行为不仅严重扰乱市场秩序，损害合法经营者的权益，还存在较大的安全隐患。
二、行政处罚措施
调查取证与扣押车辆：
- 交通运输管理部门在发现涉嫌非法运输的车辆后，有权进行调查。通过现场检查、询问乘客和司机、收集证据等方式，确定是否存在违法行为。
- 如有初步证据证明非法运输，管理部门可依法扣押涉案车辆，以防止违法行为继续，并保障后续处理程序的顺利进行。
罚款与没收违法所得：
- 根据《中华人民共和国道路运输条例》及相关规定，对非法运输行为可处以罚款。具体罚款金额依据当地法规及非法运输情节的严重程度确定，通常在数千元到数万元不等。
- 对于有违法所得的，管理部门将没收违法所得，并处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或违法所得不足一定金额（如1万元或2万元，具体依据法规）的，将处以更高额度的罚款。
其他行政处罚：
- 对于未经许可擅自从事道路旅客运输站（场）经营、机动车维修经营等违法行为的车辆，管理部门也有相应的责令改正、罚款、没收违法所得以及责令停业整顿等处罚措施。
三、刑事处罚措施
若非法运输行为严重扰乱市场秩序，情节特别严重，则可能构成非法经营罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，对于构成非法经营罪的非法运输行为，可处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。
四、车辆所有人的应对措施
接受处理：
- 当车辆被认定为非法运输后，车主需在规定时间内前往指定交通执法部门接受处理，并携带身份证、车辆行驶证等相关证件。
陈述和申辩：
- 在接受处理过程中，车主有权进行陈述和申辩，向执法部门说明情况。如认为不存在非法运输行为或对认定的事实、处罚依据有异议，可提供相应证据和理由。
缴纳罚款与相关费用：
- 若对处罚决定无异议，车主应按要求在规定期限内缴纳罚款及可能产生的其他费用（如车辆保管费，但需注意有些地方对于合理期限内的保管不收费）。
取回车辆：
- 完成所有处理程序并缴纳相关费用后，车主可按交通执法部门要求办理车辆取回手续，领回被扣押的车辆。
五、特殊情况的处理
租赁车辆：
- 如非法运输车辆为租赁而来，租车公司可能需配合调查。在不知情前提下出租给非法运输者，租车公司通常不需承担主要责任，但需协助执法部门提供相关资料。
涉及交通事故：
- 非法运输车辆在运输过程中发生交通事故，处理更为复杂。首先按交通事故处理程序由交警部门认定事故责任，同时非法运输行为仍会按规定处理。在事故赔偿方面，非法运输不影响责任划分和赔偿责任承担，但可能影响保险理赔。
六、其他注意事项
- 道路运输管理机构在实施监督检查时，对无道路运输证件、持无效证件或超出经营范围从事道路运输经营且无法当场提供有效证明的，或拒不接受检查影响道路交通安全的车辆，可扣押车辆并出具凭证，责令其在规定期限内到指定地点接受处理。
- 对扣押的车辆，管理部门应妥善保管，不得使用，也不得收取或变相收取保管费用。车辆解除扣押后，管理部门应书面通知当事人限期领取；逾期不领取的，逾期之日起的保管费用由当事人承担；经公告九十日仍不领取的，可依法处理该车辆。
综上所述，非法运输车辆将面临严厉的法律制裁，包括行政处罚、刑事处罚以及其他相关处理措施。因此，我强烈建议所有车主和驾驶员严格遵守相关法律法规，远离非法运输活动。