挂靠公司一般不能随意扣除招投标费用，但具体能否扣除需视挂靠协议约定及实际情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、挂靠协议约定
有明确约定：
- 如果挂靠协议中明确约定了招投标费用的承担方式，包括是否由挂靠公司扣除、扣除的条件和比例等，那么双方应严格按照协议约定执行。
- 例如，协议中可能规定，在特定情况下（如挂靠方违约、项目未中标等），挂靠公司有权扣除一定比例的招投标费用作为违约金或补偿。
无明确约定：
- 如果挂靠协议中没有明确约定招投标费用的承担方式，那么挂靠公司一般不能随意扣除该费用。
- 在这种情况下，双方应协商解决，或者根据行业惯例、公平原则等来确定费用的承担方式。
二、实际情况分析
挂靠方违约：
- 如果挂靠方在招投标过程中存在违约行为，如提供虚假资料、未按时提交投标文件等，导致项目未中标或给挂靠公司造成损失，那么挂靠公司可能根据协议约定或法律规定扣除部分或全部招投标费用作为赔偿。
项目未中标：
- 如果项目未中标，且挂靠协议中没有约定未中标时招投标费用的承担方式，那么挂靠公司一般不能扣除该费用。因为招投标费用是挂靠方为参与招投标活动而实际发生的费用，与项目是否中标无直接关系。
挂靠公司违规操作：
- 如果挂靠公司在招投标过程中存在违规操作，如串通投标、行贿等，导致项目被取消或受到处罚，那么挂靠公司不仅不能扣除招投标费用，还可能面临法律责任。此时，挂靠方有权要求挂靠公司赔偿因此造成的损失。
三、法律建议
审查挂靠协议：
- 挂靠方在签订挂靠协议时，应仔细审查协议条款，特别是关于招投标费用的承担方式、扣除条件和比例等约定，确保自己的权益得到保障。
保留相关证据：
- 挂靠方在参与招投标活动过程中，应保留好相关证据，如投标文件、缴费凭证、沟通记录等，以便在发生纠纷时证明自己的主张。
及时协商解决：
- 如果双方在招投标费用承担问题上发生争议，应及时协商解决。协商不成的，可以寻求法律途径解决纠纷，如提起诉讼或申请仲裁。
遵守法律法规：
- 双方在参与招投标活动过程中，应严格遵守相关法律法规和行业规范，避免违规操作导致法律责任和损失。