结论：午休时间加班是否应扣减或计算加班费，需结合实际情况及当地法规综合判断，但通常情况下，午休时间加班应计算加班费。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律框架下的午休时间与加班费
《中华人民共和国劳动法》的相关规定：
- 午休时间一般被视为劳动者正常工作时间之外的休息时段。若用人单位安排劳动者在午休时间加班且无法安排补休，需支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
- 若午休时间恰好处于休息日（如周末）且被安排加班，用人单位需支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
- 若午休时间处于法定节假日并被安排加班，用人单位则需支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
《工资支付暂行规定》的补充：
- 该规定进一步明确了用人单位在法定标准工作时间以外安排劳动者工作的工资支付标准，与《劳动法》中的规定相一致，即午休时间加班应计算加班费。
二、实际操作中的特殊情况与地方性规定
地方性法规的影响：
- 部分地区可能对午休时间的定义、加班费的计算方式等有特殊规定。例如，某些地区可能规定午休时间不计入工作时间，因此加班费计算时需排除午休时间。但这种情况较为少见，且需具体查看当地法规。
行业或单位内部规定：
- 某些行业或单位可能内部规定午休时间不计入工作时间，或加班费计算方式有特殊规定。然而，这些规定不得违反国家法律法规的强制性规定，否则无效。
三、法律建议与劳动者权益保护
了解当地法规：
- 劳动者在遇到午休时间加班问题时，应首先了解当地的相关法规，以确定自己的权益。
保留证据：
- 若用人单位未按规定支付加班费，劳动者应保留相关证据，如加班记录、工资条等，以便在维权时使用。
依法维权：
- 劳动者如遇到未按规定支付加班费的情况，可依法向劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
四、具体案例分析
假设某劳动者在周末午休时间被安排加班，且用人单位未安排补休。根据《劳动法》的规定，用人单位应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬作为加班费。若该劳动者正常工作时间工资为每小时X元，则加班费应至少为每小时2X元。
总结：午休时间加班是否应扣减或计算加班费，需结合实际情况及当地法规综合判断。在大多数情况下，午休时间加班应计算加班费，且加班费的计算标准应根据《劳动法》和《工资支付暂行规定》的相关规定执行。劳动者应了解自己的权益，并在遇到问题时依法维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。