结论：在因证据不足无法确认争议土地使用权的情况下，政府确实有可能驳回相关申请。但具体是否驳回，还需结合案件具体情况、相关法律法规以及政府部门的行政裁量权来综合判断。
分析说明：
证据不足的法律后果：
- 在土地使用权争议中，证据是确认权利归属的关键。如果申请人无法提供充分、有效的证据来证明其对争议土地拥有使用权，那么政府部门在审查时可能会面临无法确认权利归属的困境。
- 根据一般的行政原则，政府部门在作出行政决定时，必须基于充分的事实和法律依据。如果证据不足，政府部门有权拒绝作出确认权利归属的决定，即驳回申请。
政府部门的行政裁量权：
- 政府部门在处理土地使用权争议时，享有一定的行政裁量权。这意味着政府部门可以根据案件的具体情况、相关法律法规以及政策导向，在合理范围内作出决定。
- 如果政府部门认为，尽管证据不足，但根据其他因素（如历史使用情况、相邻关系等）可以合理推断出权利归属，那么政府部门也可能不驳回申请，而是作出其他处理决定。
相关法律法规的适用：
- 在处理土地使用权争议时，政府部门会依据《土地管理法》、《农村土地承包法》等相关法律法规进行审查。这些法律法规对土地使用权的确认、争议解决等方面都有明确规定。
- 如果法律法规明确规定了证据不足时的处理方式（如驳回申请），那么政府部门必须依法行事。如果法律法规没有明确规定，政府部门则需要根据行政原则和政策导向进行裁量。
法律建议：
对于申请人：
- 在提出土地使用权申请前，应尽可能收集充分、有效的证据来证明自己的权利归属。这包括但不限于土地使用证、承包合同、历史使用记录等。
- 如果证据不足，可以考虑通过协商、调解等方式与争议方达成一致意见，或者寻求专业律师的帮助来完善证据链。
对于政府部门：
- 在处理土地使用权争议时，应严格依法行事，确保行政决定的合法性和合理性。
- 如果证据不足，应充分考虑案件的具体情况和其他相关因素，合理行使行政裁量权，避免简单驳回申请导致矛盾激化。
后续行动建议：
- 如果政府部门驳回了申请，申请人可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。
- 在整个过程中，建议申请人保持与政府部门的沟通联系，及时了解案件进展情况，并根据需要调整自己的策略。
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