当案件已过诉讼时效，且涉及到检察院的处理时，我们首先要明确的是，这里主要涉及的是刑事案件的追诉时效问题，与民事案件的诉讼时效在处理上有所不同。以下是针对这一问题的详细解答：
一、法律依据与原则
法律依据：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条的规定，犯罪已过追诉时效期限的，不追究刑事责任。如果已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪。
- 《人民检察院刑事诉讼规则》第三百六十五条也明确指出，对于公安机关移送起诉的案件，如果发现犯罪已过追诉时效期限等情形，经检察长批准，应当作出不起诉决定。
处理原则：
- 检察院在办理刑事案件时，必须严格遵守法律规定，确保案件的合法性和公正性。
- 对于已过追诉时效的案件，检察院应当依法及时作出处理，以避免不必要的司法资源浪费，并维护法律的权威性和公信力。
二、具体处理方式
审查立案阶段：
- 如果检察院在立案审查阶段发现案件已过追诉时效，应依法作出不立案的决定。
- 若案件已经立案，但在后续审查中发现已过追诉时效，检察院应立即撤销案件。
侦查阶段：
- 在侦查过程中，如果检察院发现案件已过追诉时效，应停止侦查活动，并撤销案件。这是为了防止继续侦查造成的司法资源浪费，并确保案件的合法性。
审查起诉阶段：
- 检察院在审查起诉时，如果发现案件已过追诉时效，应依法作出不起诉决定。不起诉决定书应送达被不起诉人及其所在单位（如有），并公开宣布，以保障当事人的知情权。
审判阶段（如已进入）：
- 如果案件已经进入审判阶段，法院在查明事实后，应依法裁定终止审理或宣告无罪。这是法院对已过追诉时效案件的最终处理方式。
三、注意事项
追诉时效的计算：
- 追诉时效的计算通常从犯罪行为发生之日起计算，具体期限根据犯罪的性质和法定刑的不同而有所差异。
- 在计算追诉时效时，需考虑是否存在中断、延长等特殊情形，如犯罪嫌疑人在追诉期限内又犯罪的，追诉期限应从后罪之日起重新计算。
证据收集与审查：
- 检察院在处理案件时，应全面收集、审查和判断证据，确保案件事实的准确性和完整性。
- 即使案件已过追诉时效，检察院也应妥善保管相关证据材料，以备不时之需，如后续可能出现的民事赔偿等纠纷。
当事人权益保障：
- 在处理已过追诉时效的案件时，检察院应充分保障当事人的合法权益，包括知情权、申辩权等。
- 对于因已过追诉时效而不予追究刑事责任的当事人，检察院应做好释法说理工作，解释法律规定和追诉时效的意义，避免引发不必要的纠纷和误解。
综上所述，当案件已过诉讼时效且涉及检察院处理时，检察院将依据相关法律规定和原则，根据案件所处的不同阶段作出相应的处理决定，以确保法律的公正性和权威性。