针对您提出的“追诉时效检察机关怎么处理”这一问题，我将结合相关法律规定和司法实践，为您进行详细解答。

首先，我们需要明确追诉时效的基本概念。追诉时效是指按照刑法的规定，对犯罪分子追究刑事责任的有效期限。在这个期限内，司法机关有权对犯罪进行追诉；而一旦超过这个期限，司法机关就不能再对犯罪嫌疑人进行追诉。

当案件进入检察院阶段时，如果检察院发现案件已经过了追诉时效，那么根据《刑事诉讼法》的相关规定，检察院应当作出不起诉决定。这是因为，追诉时效的设定本身就意味着，在法定期间内未对犯罪进行追诉，法律将不再给予刑事处罚。这既体现了法律对犯罪行为在时间维度上的一种限制考量，也符合刑罚的目的——即预防犯罪和保护社会。

不起诉决定包括法定不起诉，此时检察院会依据法律规定，认定犯罪嫌疑人不构成犯罪或者具有不追究刑事责任的情形，从而作出不起诉决定，终结诉讼程序。这意味着，犯罪嫌疑人将不再面临刑事审判，其合法权益得到了保障。

然而，也需要注意到，追诉时效并非绝对。在一些特殊情况下，如人民检察院、公安机关、国家安全机关已经立案侦查，或者在人民法院受理案件以后，犯罪嫌疑人逃避侦查或者审判的，那么追诉时效将不受限制。此外，如果被害人在追诉期限内提出控告，而人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的，同样不受追诉期限的限制。

最后，需要强调的是，追诉时效主要适用于刑事责任。对于民事责任而言，即便相关行为可能已过刑事追诉时效，权利人仍可通过民事诉讼主张民事赔偿等权利。因为民事责任的目的在于弥补受害人损失，恢复受侵害的民事关系，这与刑事责任的目的有所不同。

综上所述，当案件进入检察院阶段且已过追诉时效时，检察院通常会作出不起诉决定。但也需要关注到追诉时效的例外情况，以及民事责任与刑事责任在追诉时效上的不同适用。希望这一解答能够对您有所帮助。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律咨询，请随时告知。