结论前置：房东在合同上备注由租户缴纳租赁发票相关税费的条款，其合法性需分情况讨论，具体如下：

1. 税费承担条款的效力
   根据《民法典》第465条，合同双方可依法约定权利义务，包括税费承担方式。若合同条款明确约定租户承担租赁发票相关税费（如房产税、增值税等），且不违反法律强制性规定（如税收法定原则），该条款原则上有效，对双方具有约束力。但需注意：

   • 税收法定原则：税费种类、税率、纳税主体等由《税收征收管理法》《房产税暂行条例》等法律明确规定，双方不得通过合同改变法定纳税义务人。例如，房产税的纳税义务人通常为房屋所有权人（房东），若合同约定由租户承担，仅构成税费的实际承担者，不改变法定纳税主体身份。
     
   • 显失公平风险：若税费金额显著高于租金比例（如占租金50%以上），可能因违反《民法典》第151条“显失公平”原则被撤销，但实践中此类情形较少见。

2. 实务中的常见操作与风险

   • 合法情形：若合同仅约定租户“代付”税费（即房东为纳税义务人，租户垫付后从租金中扣除或另行支付），且税费计算依据合法（如按税务机关核定的税率），该条款合法有效。
     
   • 违法情形：若合同约定租户“直接作为纳税义务人”缴纳税费（如要求租户以房东名义申报纳税），可能因违反《税收征收管理法》第4条“法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人”的规定而被认定无效。此外，若房东通过合同将本应由其承担的税费（如个人所得税）转嫁给租户，可能面临税务机关追缴税款及罚款的风险。

3. 租户的应对建议

   • 审查合同条款：要求房东明确税费种类、计算方式及支付流程，避免模糊表述（如“租户承担所有税费”）。
     
   • 要求提供完税凭证：租户支付税费后，应要求房东提供税务机关出具的完税证明，以证明税费已合法缴纳。
     
   • 协商修改条款：若税费金额过高或条款显失公平，可与房东协商调整（如按租金比例分摊税费），或要求房东承担部分税费作为租金优惠的交换条件。

总结：合同约定租户缴纳租赁发票相关税费本身不违法，但需确保不改变法定纳税义务人身份，且税费计算合法、条款公平。租户在签约前应仔细审查条款，必要时咨询专业律师以规避风险。