结论：工程已使用但资料不全，并不能直接作为拒绝支付工程款的合法理由。是否支付工程款，应依据合同约定、实际完成情况及法律规定综合判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同约定角度
合同条款的明确性：
- 若合同中明确规定了工程款的支付条件，包括但不限于工程验收合格、资料齐全等，且资料不全被明确列为拒绝支付工程款的理由，则发包方有权依据合同条款拒绝支付。
- 若合同未明确规定资料不全作为拒绝支付工程款的条件，则发包方不能仅凭此理由拒绝支付。
合同解释与履行：
- 在合同解释上，应遵循公平、诚实信用原则，结合合同目的、交易习惯等综合判断。若资料不全不影响工程实际使用及质量，且发包方已实际使用工程，则发包方应支付工程款。
- 在合同履行上，若承包方已按合同约定完成工程并交付使用，发包方应履行支付工程款的义务。资料不全可能构成承包方的违约行为，但发包方应通过要求承包方补充资料或承担违约责任等方式解决，而非直接拒绝支付工程款。
二、法律规定角度
《民法典》相关规定：
- 根据《民法典》关于建设工程合同的规定，发包人应当按照约定支付价款。若合同未约定或约定不明，且工程已实际交付使用，发包人应支付相应价款。
- 资料不全并不直接等同于工程不合格或未完成。若工程已实际使用且质量符合要求，发包方应支付工程款。资料不全可能涉及后续保修、维护等问题，但不应成为拒绝支付工程款的直接理由。
工程款支付与资料交付的关系：
- 工程款支付与资料交付是两个独立的合同义务。除非合同明确约定资料交付是工程款支付的前提条件，否则发包方不能因资料不全而拒绝支付工程款。
- 若发包方因资料不全而拒绝支付工程款，承包方有权要求发包方支付工程款并承担违约责任。同时，承包方也应积极补充资料，履行自己的合同义务。
三、实际操作建议
协商解决：
- 双方应首先通过协商解决资料不全及工程款支付问题。承包方应积极补充资料，发包方应合理评估工程实际情况及质量，共同寻求解决方案。
法律途径：
- 若协商无果，双方可通过法律途径解决争议。承包方可以起诉要求发包方支付工程款及利息等；发包方可以反诉要求承包方承担违约责任或补充资料等。
- 在诉讼过程中，法院将根据合同约定、实际完成情况、法律规定及双方举证情况综合判断工程款是否应支付及支付金额。
总结与启示：工程已使用但资料不全并不能直接作为拒绝支付工程款的合法理由。双方应依据合同约定、实际完成情况及法律规定综合判断工程款支付问题。在处理此类争议时，建议双方保持冷静、理性沟通，并寻求专业法律意见以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步帮助，请直接向我咨询。