在营运车停运损失的案件中，究竟是起诉对方司机还是公司，这主要取决于事故的责任主体以及司机与公司之间的法律关系。以下是从不同角度进行的分析：
如果事故责任在于对方司机个人：
- 在这种情况下，如果司机是独立承担民事责任的个体，比如个体运输户或者私家车司机，那么营运车车主可以直接起诉该司机，要求其赔偿因停运造成的损失。
- 赔偿范围通常包括停运期间的合理收入损失，这需要根据营运车的实际运营情况、历史收入数据等因素来综合确定。
如果事故责任在于对方司机所属的公司：
- 如果司机是在执行公司职务过程中发生的事故，且该事故被认定为职务行为，那么根据《民法典》的相关规定，公司应当承担赔偿责任。
- 在这种情况下，营运车车主应当起诉公司，要求其赔偿停运损失。公司承担责任后，如果认为司机有过错，可以依据公司内部规定向司机追偿。
特殊情况：司机与公司之间存在挂靠、承包等关系：
- 在某些情况下，司机可能与公司之间存在挂靠、承包等复杂关系。这时，需要仔细分析双方之间的合同条款以及实际履行情况，来确定责任主体。
- 如果合同中明确约定了事故责任由公司承担，或者根据实际情况可以推断出公司应当承担主要责任，那么营运车车主仍然应当起诉公司。
- 如果合同条款模糊或者双方对责任承担有争议，可能需要通过法律程序来明确责任主体，这可能涉及对合同条款的解读、双方行为的性质认定等复杂法律问题。
法律建议：
- 在处理此类案件时，建议营运车车主首先收集并保存好相关证据，包括事故认定书、营运车的相关运营数据、收入证明等，以便在诉讼中证明自己的损失。
- 同时，建议车主咨询专业律师，根据具体情况分析责任主体，并制定合适的诉讼策略。律师可以帮助车主评估案件的胜诉可能性、赔偿范围等关键问题，为车主提供全面的法律支持。
可能后果：
- 如果车主选择起诉错误的主体，可能会导致诉讼进程受阻或者败诉，从而无法获得应有的赔偿。
- 因此，在起诉前务必明确责任主体，确保诉讼的针对性和有效性。
综上所述，营运车停运损失的起诉对象取决于事故的责任主体以及司机与公司之间的法律关系。车主在处理此类案件时，应当谨慎选择起诉对象，并咨询专业律师以获取全面的法律支持。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。