在总经理离任审计发现问题时，通常需要签订的协议主要取决于问题的性质、公司的内部规定以及相关法律法规的要求。以下是从不同角度分析可能需要签订的协议类型：
离任审计整改协议：
- 背景与目的：当离任审计发现总经理在任期间存在管理不善、财务违规等问题时，公司可能会要求总经理签订整改协议，明确整改措施、期限及责任。
- 内容要点：整改协议应详细列出审计发现的问题、整改的具体措施、整改期限、整改责任人以及未按时整改的后果等。
- 法律意义：此协议有助于明确双方的权利义务，确保问题得到妥善解决，并为公司后续可能采取的法律行动提供依据。
赔偿协议：
- 背景与目的：若离任审计发现总经理的行为给公司造成了经济损失，公司可能会要求总经理签订赔偿协议，以弥补公司的损失。
- 内容要点：赔偿协议应明确损失的具体金额、赔偿方式、赔偿期限以及违约责任等。
- 法律意义：此协议具有法律约束力，一旦总经理未按约定赔偿，公司可以通过法律途径追究其责任。
保密协议：
- 背景与目的：在离任审计过程中，总经理可能接触到公司的敏感信息或商业秘密。为保护公司利益，公司可能会要求总经理签订保密协议。
- 内容要点：保密协议应明确保密信息的范围、保密期限、保密义务及违约责任等。
- 法律意义：此协议有助于防止总经理在离任后泄露公司敏感信息，保护公司的商业利益。
竞业限制协议（如适用）：
- 背景与目的：若总经理在离任后可能加入与公司存在竞争关系的企业，公司可能会要求其签订竞业限制协议，以限制其在一定期限内从事与原公司相竞争的业务。
- 内容要点：竞业限制协议应明确竞业限制的范围、期限、补偿方式及违约责任等。
- 法律意义：此协议有助于保护公司的市场地位和商业利益，防止总经理利用其在原公司获得的资源和信息对原公司构成竞争威胁。
在签订上述协议时，公司应注意以下几点：
- 协议内容合法合规：确保协议内容符合相关法律法规的要求，避免因协议内容违法而导致协议无效。
- 明确双方权利义务：协议应明确双方的权利义务，避免模糊不清导致后续纠纷。
- 考虑实际执行性：协议应具有实际执行性，确保双方能够按照协议约定履行各自义务。
- 咨询专业律师：在签订协议前，公司应咨询专业律师的意见，确保协议的法律效力和可执行性。
若总经理对离任审计结果或协议内容有异议，应如何处理：
- 沟通协商：首先，双方应尝试通过沟通协商解决争议，寻求共识。
- 寻求第三方调解：若沟通协商无果，双方可以寻求第三方调解机构的帮助，通过调解解决争议。
- 法律途径：若调解仍无法解决争议，双方可以通过法律途径解决，如提起诉讼或申请仲裁。
总之，在总经理离任审计发现问题时，公司应根据问题的性质、公司的内部规定以及相关法律法规的要求，与总经理签订相应的协议以明确双方的权利义务。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。