结论：关于克扣工资是在职申请劳动仲裁还是离职申请劳动仲裁，这并非一个非此即彼的选择，而是可以根据具体情况和劳动者的需求来灵活决定的。以下是从不同角度为你详细分析：
在职期间申请劳动仲裁
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，因劳动报酬等发生的争议适用本法。工资属于劳动报酬的范畴，因此用人单位克扣工资引发的纠纷，劳动者在职期间就有权申请劳动仲裁。
操作建议：
- 留存证据：在职期间，劳动者应妥善保留能够证明用人单位克扣工资的证据，如工资条、银行工资流水明细、与单位关于工资问题的沟通记录等。
- 提交申请：向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会递交仲裁申请书及相关证据材料。
- 继续工作：在仲裁过程中，劳动者可以继续在原单位工作，直至仲裁结果出来或双方达成和解。
可能后果：
- 如果仲裁裁决支持劳动者的诉求，用人单位需支付克扣的工资及可能的赔偿。
- 如果仲裁裁决不支持劳动者的诉求，劳动者可以选择接受结果或向人民法院提起诉讼。
离职后申请劳动仲裁
法律依据：
- 同样根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，离职后因劳动报酬等发生的争议也适用本法。因此，劳动者在离职后仍有权就克扣工资问题申请劳动仲裁。
操作建议：
- 留存证据：与在职期间相同，劳动者需保留好能够证明用人单位克扣工资的证据。
- 提交申请：在离职后，劳动者仍可以向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会递交仲裁申请书及相关证据材料。
- 主张经济补偿：如果劳动者因用人单位克扣工资而被迫离职，还有权要求用人单位支付经济补偿。经济补偿的计算标准为：按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
可能后果：
- 与在职期间申请劳动仲裁的可能后果相似，如果仲裁裁决支持劳动者的诉求，用人单位需支付克扣的工资、经济补偿及可能的赔偿。
- 如果仲裁裁决不支持劳动者的诉求，劳动者同样可以选择接受结果或向人民法院提起诉讼。
综合建议
- 考虑维权成本与收益：对于小额被扣工资，劳动者可能需权衡维权成本与收益。如果维权成本较高（如时间、精力等），而收益相对较低，劳动者可以考虑通过与用人单位协商或向劳动监察部门投诉等更为便捷的方式解决。
- 及时行动：无论选择在职还是离职后申请劳动仲裁，劳动者都应尽快行动，以免超过仲裁时效（一般为一年，从知道或应当知道权利被侵害之日起计算）。
- 寻求专业帮助：在申请劳动仲裁过程中，劳动者可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分维护。
总结：克扣工资问题既可以在职期间申请劳动仲裁解决，也可以在离职后申请。劳动者应根据自己的具体情况和需求来灵活选择，并尽快采取行动以维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。