在肇事者和车主不是同一人的情况下，道路救助基金的偿还责任主要由交通事故的责任人承担。以下是对这一问题的详细分析：
一、偿还责任主体
交通事故责任人：
- 根据《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十四条和《中华人民共和国道路交通安全法》第七十五条的规定，道路交通事故社会救助基金垫付的费用，其偿还责任主体是交通事故的责任人。无论事故是单方责任还是双方责任，最终都由造成交通事故的责任方按责任比例承担偿还责任。
- 例如，若司机因违规驾驶撞伤行人，救助基金为行人垫付了抢救费用，后续经交警认定司机负事故全部责任，则司机需偿还救助基金垫付的费用。
车辆交强险保险公司（特定情况下）：
- 在某些特殊情况下，如事故车辆逃逸难以直接找到责任人，或肇事机动车未参加交强险等，若后续确定了肇事车辆及其交强险承保公司，则该保险公司在责任限额范围内需承担偿还责任。但这种情况相对较少，且通常是在责任人无法确定或无力偿还时的一种补充措施。
二、偿还责任的确定与特殊情况处理
责任明确的情形：
- 如果交通事故中存在明确的赔偿义务人，且该义务人有能力承担赔偿责任，那么救助基金垫付的费用应由该赔偿义务人偿还。这是最常见的情况，也是法律明确规定的偿还责任主体。
责任不明的情形：
- 在一些特殊情况下，可能不存在明确的赔偿义务人，如机动车肇事逃逸案件且经公安机关交通管理部门调查无法确定肇事逃逸者身份等。在这些情况下，救助基金垫付的费用一般不需要偿还，但救助基金管理机构会保留追讨权利，若后续发现责任人，仍可依法追偿。
责任人无力偿还的情形：
- 如果责任人暂时无力偿还，但在其后有赔偿能力时，仍需履行偿还义务。救助基金管理机构有权在其有赔偿能力后进行追偿，包括通过协商、诉讼等合法途径来实现。
肇事者和车主不是同一人的情形：
- 在这种情况下，如果肇事者被认定为交通事故的责任人，那么偿还责任应由肇事者承担。车主作为车辆的所有者，除非存在过错（如将车辆借给无驾驶资格的人驾驶等），否则一般不承担偿还责任。但车主有义务协助救助基金管理机构进行追偿工作，如提供肇事者的相关信息等。
三、偿还程序与注意事项
偿还程序：
- 责任人应按照救助基金管理机构的要求进行偿还。如果责任人拒不偿还，救助基金管理机构有权依法向其进行追偿，包括通过协商、诉讼等合法途径来实现。
- 在偿还过程中，责任人应保留好相关证据，如偿还凭证、沟通记录等，以备不时之需。
注意事项：
- 救助基金的设立旨在保障交通事故受害者的及时救治，其偿还责任和程序需严格遵循相关法律法规。
- 责任人应积极履行偿还义务，避免因拒不偿还而面临法律诉讼和强制执行等不利后果。
- 车主在车辆借出时应谨慎选择借用人，确保借用人具备驾驶资格和良好的驾驶习惯，以减少交通事故的发生和偿还责任的风险。
总结：在肇事者和车主不是同一人的情况下，道路救助基金的偿还责任主要由交通事故的责任人承担。车主在一般情况下不承担偿还责任，但有义务协助追偿工作。若责任人拒不偿还或无力偿还，救助基金管理机构有权依法进行追偿。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。