结论：盗窃公司财产九万，检察院是否会起诉需视具体情况而定，但通常情况下，由于盗窃金额达到“数额巨大”标准，检察院很可能会提起公诉。不过，若存在法定不起诉、酌定不起诉或证据不足不起诉等情形，检察院也可能作出不起诉决定。

详细分析：

1. 盗窃金额与量刑标准：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第二百六十四条及《最高人民法院、最高人民检察院关于办理盗窃刑事案件适用法律若干问题的解释》，盗窃公私财物价值三万元至十万元以上的，应当认定为“数额巨大”。盗窃公司财产九万，显然已达到这一标准。
   • 对于“数额巨大”的盗窃行为，法律规定的量刑范围是三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。因此，从金额上看，该行为已构成犯罪，且量刑较重。

2. 检察院起诉的考量因素：

   • 犯罪情节：检察院在决定是否起诉时，会综合考虑犯罪情节的轻重。虽然盗窃金额巨大，但如果存在特殊情况，如犯罪嫌疑人因生活极度困难而偶尔盗窃，且事后积极退赃退赔，可能在一定程度上影响检察院的起诉决定。然而，这种情况较为罕见，且需有充分证据支持。
   • 证据充分性：检察院在审查起诉时，会严格审查公安机关移送的证据。如果证据不足，不符合起诉条件，检察院将视情况作出不起诉决定。这包括但不限于关键的物证存在疑问、证人证言相互矛盾无法形成完整证据链等情况。
   • 犯罪嫌疑人的悔罪表现：犯罪嫌疑人是否积极退赃退赔、取得被害人谅解、表现出明显悔罪态度等，也是检察院考虑是否起诉的重要因素。如果犯罪嫌疑人能够积极配合调查，主动退赃退赔，并取得被害人的谅解，可能在一定程度上减轻其刑事责任。

3. 可能的不起诉情形：

   • 法定不起诉：如犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚、告诉才处理的犯罪未告诉或撤回告诉、犯罪嫌疑人死亡等情形，检察院将依法作出不起诉决定。但这些情形在盗窃案中较为罕见。
   • 酌定不起诉：如果犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的，检察院有权作出不起诉决定。这通常适用于初犯、偶犯，且盗窃数额刚达到立案标准，案发后积极退赃退赔并取得被害人谅解的情况。然而，对于盗窃九万的行为，这一情形几乎不适用。
   • 证据不足不起诉：如果检察院在审查起诉时发现证据不足，不符合起诉条件，将视情况作出不起诉决定。这要求公安机关在侦查阶段必须收集到充分、确凿的证据来支持起诉。

建议与警示：

• 对于犯罪嫌疑人：如果涉嫌盗窃公司财产九万，应尽快咨询专业律师，了解自己的法律权利和义务，并积极配合调查，争取从轻或减轻处罚。同时，应主动退赃退赔，取得被害人的谅解，以表现自己的悔罪态度。
• 对于公司：应加强内部安全管理，防止类似盗窃事件的发生。一旦发生盗窃事件，应立即报警并配合公安机关的调查工作，以便尽快追回损失并维护公司的合法权益。
• 对于广大民众：要增强法律意识，切勿触碰法律红线。盗窃是严重的违法行为，不仅会对受害者造成财产损失和精神伤害，犯罪者自身也将面临严厉的法律制裁。

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