机动车当然可以写协议，而且，在特定情况下，签订一份详细且合法的协议对于明确双方权益、避免未来纠纷至关重要。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、协议的法律基础
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体之间可以依法设立、变更、终止民事权利义务关系。机动车作为动产，其所有权可以通过买卖、赠与、继承等方式转移，而这些转移行为往往伴随着协议的签订。因此，从法律层面讲，机动车的买卖、借用、租赁等行为都可以通过签订协议来明确双方的权利和义务。
二、协议的具体应用场景
机动车买卖：在买卖机动车时，买卖双方可以签订买卖合同，明确车辆的基本信息（如品牌、型号、车架号等）、交易价格、付款方式、交付时间、车辆质量保证等条款。这样的协议有助于保护买卖双方的合法权益，避免未来因车辆质量问题、付款纠纷等产生争议。
机动车借用或租赁：当机动车被借用或租赁给他人使用时，车主与使用人之间也可以签订协议，明确借用或租赁期限、使用范围、费用承担、车辆损坏或丢失的责任承担等条款。这样的协议有助于规范双方的行为，减少因使用不当或管理不善导致的纠纷。
机动车所有权与登记权分离：在实际生活中，由于购车指标限制、贷款需求或其他原因，车辆的实际购买者可能并非车辆的登记所有人。此时，双方可以签订一份车辆实际所有权归属协议，明确车辆的实际所有权归甲方所有，乙方仅为名义登记人，不享有车辆的实际所有权，也不得擅自对车辆进行任何形式的处分。这样的协议有助于保护实际所有人的权益，避免未来因车辆登记问题产生的纠纷。
三、协议签订时的注意事项
协议内容要详细：协议应明确车辆的基本信息、所有权归属、双方的权利与义务、车辆的使用与维护、协议的变更与解除以及争议解决方式等关键条款。避免使用模糊或歧义的表述，确保协议内容清晰、准确。
协议要合法有效：协议的内容必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗或损害国家、集体或第三人的利益。同时，协议的签订应当基于双方自愿、平等、公平的原则，确保协议的合法性和有效性。
考虑公证或见证：为了进一步增强协议的证明力和执行力，双方可以考虑对协议进行公证或见证。公证或见证可以确保协议的真实性和合法性，为未来可能出现的纠纷提供有力的证据支持。
四、法律后果
如果双方未签订协议或协议内容不明确、不合法，一旦发生纠纷，可能难以确定双方的责任和义务，导致纠纷难以解决。因此，签订一份详细且合法的协议对于保护双方权益、避免未来纠纷具有重要意义。
总结来说，机动车可以写协议，而且在实际生活中，签订协议是保护双方权益、避免未来纠纷的有效手段。如果你在机动车交易、借用、租赁或所有权与登记权分离等方面有法律问题或需要签订协议，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。