合同中约定的日违约金千分之三是否合法，需结合具体案件情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法性基础与意思自治原则
意思自治的体现：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，合同双方当事人在平等、自愿的基础上，可以约定违约金的数额或计算方法。因此，日违约金千分之三的约定，在双方真实意思表示且未违反法律强制性规定的前提下，一般是合法有效的。
违约金的双重作用：合理的违约金不仅具有补偿因违约造成的损失的功能，还能对违约方产生一定的惩罚和警示效果，有助于维护交易秩序的稳定。
二、违约金的调整机制
过高调整的可能性：若约定的日违约金千分之三显著超过因违约造成的实际损失，根据《民法典》的相关规定，当事人有权请求人民法院或仲裁机构予以适当减少。调整时，会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等因素，确保违约金的合理性和公平性。
法律法规的强制性规定：特定行业或领域可能有关于违约金上限的强制性规定。若合同约定的日违约金千分之三违反了这些规定，则超出部分无效。
三、实际操作中的建议
合理约定违约金：在签订合同时，双方应基于实际可能发生的损失和合同履行情况，合理约定违约金的数额或计算方法。避免约定过高或过低的违约金，以减少后续纠纷的可能性。
明确违约金条款：合同中应明确违约金的计算方式、支付条件及时间等，确保条款的清晰性和可执行性。这有助于在违约发生时，双方能够迅速明确各自的权利和义务。
考虑实际损失与行业规范：在约定违约金时，应充分考虑实际损失的大小以及行业规范的要求。如果违约金过高或过低，都可能引发不必要的法律纠纷。
四、举例说明
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定如果甲方未按时交货，需向乙方支付日违约金千分之三。后来，甲方因故未能按时交货，乙方要求甲方支付违约金。此时，如果乙方能够证明因甲方违约造成的实际损失（如因延迟交货导致的生产停滞、额外采购成本等）远低于约定的违约金数额，那么甲方有权请求法院或仲裁机构减少违约金数额。
总结：合同中日违约金千分之三的合法性与合理性需结合具体案件情况来判断。在实际操作中，双方应充分考虑实际损失、法律法规及行业规范等因素，合理约定违约金。如果您在合同纠纷中遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。