日千分三的违约金是否合法，需结合具体案件情况，特别是实际损失、当事人意思自治及法律法规的强制性规定来综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法性基础与意思自治原则
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，合同双方当事人在平等、自愿的基础上，可以约定违约金的数额或计算方法。这意味着，日违约金千分之三的约定，在双方真实意思表示且未违反法律强制性规定的前提下，一般是合法有效的。这种约定体现了意思自治原则，即合同双方有权根据自己的意愿来设定合同条款。
补偿与惩罚作用：合理的违约金不仅具有补偿因违约造成的损失的功能，还能对违约方产生一定的惩罚和警示效果，有助于维护交易秩序的稳定。因此，在约定违约金时，双方应充分考虑违约可能带来的损失和对方的承受能力，合理设定违约金比例。
二、违约金的调整机制
过高调整：若约定的日违约金千分之三显著超过因违约造成的实际损失，根据《民法典》的相关规定，当事人有权请求人民法院或仲裁机构予以适当减少。调整时，会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等因素，确保违约金的合理性和公平性。例如，在民间借贷等案件中，若借款本金小、期限短，而违约金计算后远超本金，法院很可能认定违约金过高并进行调整。
实际损失为基准：判断违约金是否“过分高于”实际损失，是评估其合法性的关键。在实际操作中，法院或仲裁机构会要求违约方提供证据证明其因违约造成的实际损失，以便对违约金进行调整。因此，在约定违约金时，双方应尽可能明确违约金的计算方式和实际损失的范围，以避免后续纠纷。
法律法规强制性规定：特定行业或领域可能有关于违约金上限的强制性规定。若合同约定的日违约金千分之三违反了这些规定，则超出部分无效。例如，在民间借贷领域，根据相关司法解释，违约金、利息以及其他相关费用的总和不得超过合同签订之日起一年内同期贷款市场报价利率的四倍。这一规定对判断每日千分之几的违约金是否合法具有重要影响。
三、实际操作建议
合理约定：在签订合同时，双方应基于实际可能发生的损失和合同履行情况，合理约定违约金的数额或计算方法。避免约定过高的违约金导致合同显失公平或被法院调整。例如，对于长期合同或大额合同，适当的违约金比例可能更高，但也应控制在合理范围内。
明确条款：合同中应明确违约金的计算方式、支付条件及时间等，确保条款的清晰性和可执行性。这有助于在发生违约纠纷时，双方能够迅速明确各自的权利和义务，减少争议和纠纷。
保留证据：在发生违约纠纷时，当事人应保留好相关证据，以证明自己的损失和对方的违约行为。这有助于在诉讼或仲裁中维护自己的合法权益。例如，可以保留合同文本、交易记录、沟通记录等证据材料。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定乙方逾期交货需按日支付千分之三的违约金。若乙方逾期交货导致甲方遭受了实际损失（如生产停滞、客户流失等），且该损失与违约金数额相当或低于违约金数额，则该违约金约定是合法有效的。但若乙方逾期交货导致的实际损失远低于违约金数额，且乙方能够提供证据证明这一点，则甲方请求支付全部违约金可能无法得到法院的支持。此时，法院或仲裁机构会根据实际情况对违约金进行调整。
综上所述，日千分三的违约金的合法性与合理性需结合具体案件情况来判断。在实际操作中，双方应充分考虑实际损失、法律法规及行业规范等因素，合理约定违约金，以维护合同的公平性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。