结论：合同中约定已完工程保护由施工方负责，并不意味着结算时一定不给成品保护费，具体是否支付成品保护费需结合合同具体条款、行业惯例及实际履行情况综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同条款的明确性

• 若合同明确约定成品保护费包含在总价中：即使合同中提到已完工程保护由施工方负责，但若同时明确成品保护费已包含在合同总价或某项单价中，则结算时仍应支付该部分费用。例如，合同可能规定“施工方负责已完工程保护，相关费用已包含在综合单价中，不再另行计取”。
• 若合同未明确约定成品保护费：此时需结合合同其他条款及行业惯例判断。若合同仅笼统规定施工方负责保护，但未提及费用承担，则可能引发争议。此时，施工方需证明保护工作产生了额外成本，且该成本未包含在合同价款中。

2. 行业惯例与公平原则

• 行业惯例：在建设工程领域，成品保护费是否单独计取常因项目类型、合同模式（如总价合同、单价合同）而异。例如，在装饰装修工程中，成品保护费可能作为独立项计取；而在土建工程中，可能已包含在措施费中。
• 公平原则：若施工方因保护已完工程产生了显著额外成本（如增加人工、材料），且该成本未通过合同价款覆盖，则根据《民法典》第五百三十三条（情势变更）或第五百一十条（合同漏洞填补），施工方有权主张调整价款或补充约定费用。

3. 实际履行情况与证据

• 保护工作的必要性：施工方需证明保护工作是履行合同所必需的（如防止后续施工破坏已完工程），且已按合同要求或行业规范实施。
• 费用发生的合理性：施工方应提供证据（如照片、签证单、采购发票等）证明保护工作产生了实际成本，且该成本未包含在合同价款中。例如，若合同未约定保护费，但施工方因保护工程额外采购了防护材料，则可主张该部分费用。

4. 法律风险与建议

• 对建设单位：若合同未明确约定成品保护费，建设单位可能面临施工方主张额外费用的风险。建议在合同中明确保护工作的范围、标准及费用承担方式，避免争议。
• 对施工方：若合同未约定保护费，施工方应在保护工作实施前与建设单位协商补充约定，或通过签证、会议纪要等形式固定费用主张。若已实施保护工作，应尽快收集证据并主张权利。

总结：合同约定施工方负责已完工程保护，并不直接排除成品保护费的支付。是否支付需结合合同条款、行业惯例、实际履行情况及公平原则综合判断。若您面临此类争议，建议提供合同文本、保护工作记录等证据，以便进一步分析具体案情并制定维权策略。