当您在病假有效期内申请病假却遭到公司不批准时，您可以按照以下步骤来妥善处理这一问题：
一、确认病假申请的合规性
准备充分证明材料：首先，请确保您已准备了正规医院出具的诊断证明、病历、病假条等，这些材料是证明您生病事实及建议休息时长的关键证据。请务必保证这些材料的真实性和有效性。
遵循公司请假流程：回顾并严格遵守公司关于病假申请的流程，比如是否需要提前申请、通过何种渠道（如邮件、OA系统）提交申请等。确保您的申请流程符合公司规定，以增加申请被批准的可能性。
查阅公司规章制度：查看公司的员工手册或劳动合同，了解关于病假的具体规定，包括您是否有权享受病假、病假的具体条件和流程等。这有助于您确认自己的权益，并在与公司的沟通中更有依据。
二、与公司进行积极沟通
与直属上级沟通：尝试与您的直属领导进行面对面或电话沟通，诚恳地说明您的身体状况及请假的必要性。提供详细的病情信息和医生建议，以争取获得理解和批准。
与人力资源部门沟通：如果直属上级不批准病假，您可以将情况反馈给人力资源部门。说明您已按规定流程申请并提供相关证明材料，询问不批准的原因，并请求他们协助解决问题。
三、保留相关证据
保存病假证明材料：妥善保管医院开具的所有诊断证明、病历、检查报告、病假条等原件和复印件。这些材料在后续可能的维权过程中将起到重要作用。
记录沟通情况：记录与公司领导、人力资源部门沟通的时间、地点、参与人员及沟通内容。如果通过邮件、短信等方式沟通，请保留相关聊天记录和邮件内容。这些记录有助于您在需要时证明自己的沟通努力和公司的回应。
四、依法维护自身权益
了解相关法律法规：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等相关法律法规，劳动者享有法定的医疗期。在医疗期内，用人单位不得解除劳动合同，并应按规定支付病假工资。了解这些法律法规有助于您在必要时维护自己的合法权益。
向劳动监察部门投诉：如果与公司沟通协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉。提交相关证据材料，说明事情经过和诉求。劳动监察部门有权对用人单位遵守劳动法律法规的情况进行监督检查，并对违法行为进行查处。
申请劳动仲裁：如果劳动监察部门的处理未能解决问题，您可以在规定的时间内向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在仲裁过程中，您需要提供充分的证据来支持自己的主张，包括病假证明、请假申请记录、与公司沟通的记录等。
咨询专业律师：在整个过程中，如果您感到困惑或不确定如何操作，可以考虑咨询专业律师。他们可以提供针对性的法律建议和帮助，确保您的权益得到有效维护。
五、保持冷静与理性
在整个处理过程中，请保持冷静和理性。尽量通过合法途径解决问题，不要采取过激行为。同时，也要关注自己的身体健康，不要因为维权问题而影响了治疗和恢复。通过合理、合法的手段维护自身权益是每位员工应有的权利和责任。