金融机构的上级主管部门限制员工的账户与其他自然人进行账户交易，这一行为是否违反法律，不能一概而论，需要分情况讨论：
若限制行为基于合法合规的内部管理规定：
- 金融机构作为市场主体，有权根据自身业务特点和风险管理需要，制定内部管理规定。这些规定可能包括对员工账户交易的某些限制，旨在防止利益冲突、内幕交易或洗钱等违法行为。
- 如果这种限制行为是基于合法合规的内部管理规定，并且这些规定已经向员工充分告知，且不违反法律法规的强制性规定，那么这种限制行为通常是合法的。
若限制行为侵犯员工合法权益或违反法律法规：
- 如果金融机构的上级主管部门对员工账户交易的限制行为超出了合理范围，比如无端限制员工与亲属的正常交易，或者限制行为本身违反了法律法规的强制性规定（如侵犯员工隐私权、财产权等），那么这种限制行为就是违法的。
- 例如，如果金融机构要求员工提供个人账户密码或未经员工同意擅自查询、冻结员工账户，这些行为都可能构成对员工合法权益的侵犯。
特定情境下的法律考量：
- 在某些特定情境下，如金融机构员工涉及内幕交易、洗钱等违法行为时，金融机构或其上级主管部门可能需要根据法律法规的要求，对员工账户进行必要的监控或限制。但这种限制必须严格依法进行，且应确保不侵犯员工的合法权益。
法律建议：
- 对于金融机构而言，应制定合法合规的内部管理规定，明确员工账户交易的限制范围和条件，并向员工充分告知。同时，应确保这些规定不违反法律法规的强制性规定，不侵犯员工的合法权益。
- 对于员工而言，如果认为金融机构的限制行为侵犯了自己的合法权益，可以通过内部申诉、劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的权益。
可能后果：
- 如果金融机构的限制行为合法合规，且员工未提出异议，则通常不会产生法律后果。
- 如果金融机构的限制行为违法或侵犯员工合法权益，员工有权要求金融机构承担相应的法律责任，包括赔偿损失、恢复名誉等。
总结：金融机构的上级主管部门限制员工的账户与其他自然人进行账户交易是否违反法律，取决于限制行为的合法性、合规性以及是否侵犯员工合法权益。如有具体疑问或遇到相关法律问题，可以直接向我咨询。