结论：关于擅自买卖荒废宅基地改建车库与库房五年后是否可以起诉的问题，这取决于多个因素，包括买卖行为的性质、是否涉及违法、是否超过诉讼时效等，但一般情况下，若存在违法行为且未超过诉讼时效，是可以起诉的。以下是对此问题的详细分析：
一、买卖行为的性质与合法性
宅基地使用权转让的限制：
- 根据我国相关法律法规，宅基地使用权是农村集体经济组织成员享有的特定权利，其转让受到严格限制。一般来说，宅基地使用权不得单独转让，必须与地上建筑物一并转让，且受让人必须是同一集体经济组织的成员。
- 如果擅自买卖荒废宅基地，并改建车库与库房，这种行为可能违反了宅基地使用权转让的相关规定，属于违法行为。
违法行为的后果：
- 违法行为可能导致合同无效。如果买卖合同违反了法律法规的强制性规定，那么该合同可能被认定为无效合同。
- 无效合同自始没有法律约束力，当事人因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失。
二、诉讼时效的问题
诉讼时效的定义：
- 诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。
诉讼时效的期限：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
- 但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
诉讼时效的起算点：
- 诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 在擅自买卖荒废宅基地改建车库与库房的情况下，如果权利人（如原宅基地使用权人或集体经济组织）在五年内发现了该违法行为，并知道或应当知道其权利受到了损害，那么诉讼时效期间应从此时起算。
诉讼时效的中断与延长：
- 在诉讼时效期间内，如果权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或者申请仲裁等情形，诉讼时效期间会中断并重新计算。
- 如果存在特殊情况，如权利人因不可抗力或其他障碍不能行使请求权，人民法院可以根据权利人的申请决定延长诉讼时效期间。
三、是否可以起诉的建议
如果存在违法行为且未超过诉讼时效：
- 权利人可以向人民法院提起诉讼，要求确认买卖合同无效、返还财产、赔偿损失等。
如果已超过诉讼时效：
- 权利人仍然可以向人民法院提起诉讼，但义务人可能会提出诉讼时效抗辩。如果人民法院认定诉讼时效期间已届满，且不存在中断或延长的情形，那么权利人的诉讼请求可能会被驳回。
特殊情况的处理：
- 如果存在特殊情况，如权利人因不可抗力或其他障碍不能行使请求权，且能够提供充分证据证明，那么人民法院可能会根据权利人的申请决定延长诉讼时效期间。
行动建议：如果您是权利人，且发现擅自买卖荒废宅基地改建车库与库房的行为，建议您尽快咨询专业律师，评估买卖行为的合法性、诉讼时效的起算点以及是否存在中断或延长的情形。根据律师的建议，您可以决定是否向人民法院提起诉讼以维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。