结论：事业单位服务期内付违约金调动是否会影响档案审核，需分情况讨论，主要取决于调动是否符合规定以及档案审核的具体内容。
分析：
调动合规性：
- 合规调动：如果调动是依据事业单位的相关规定，且已经按照程序办理了相关手续，包括支付了违约金（如果合同中有约定），那么这种调动通常是合规的。在这种情况下，档案审核一般不会因为调动本身而受到影响，因为调动是合法且正当的。
- 不合规调动：如果调动没有遵循事业单位的相关规定，或者没有按照程序办理手续，即使支付了违约金，也可能被视为不合规。这种情况下，档案审核时可能会发现调动记录的不合规性，从而对个人档案产生一定影响，比如记录违规调动情况等。
档案审核内容：
- 基本档案信息：档案审核通常包括个人的基本信息、学历、工作经历等。如果调动没有改变这些基本信息，且调动记录本身没有违规，那么档案审核一般不会受到影响。
- 违规记录：如果档案审核中发现了与调动相关的违规记录，比如未经批准擅自调动、未按规定支付违约金等，那么这些记录可能会对个人档案产生负面影响，甚至可能影响个人的职业发展。
违约金支付与档案关系：
- 违约金支付是履行合同义务的一种表现，它本身并不直接决定档案审核的结果。但是，如果违约金支付与调动合规性相关联，且调动存在违规情况，那么违约金支付可能无法完全消除调动违规对档案的影响。
建议：
- 了解规定：在调动前，务必了解事业单位的相关规定和程序，确保调动是合规的。
- 办理手续：按照程序办理调动手续，包括支付违约金（如果合同中有约定），并保留好相关证据。
- 咨询单位人事部门：在调动过程中，如有疑问或不确定的地方，及时咨询单位的人事部门或相关负责人，以确保调动的顺利进行。
- 关注档案审核：在调动后，关注个人档案的审核情况，如有异常或问题，及时与单位人事部门沟通并解决。
后续行动：
- 如果您已经支付了违约金并完成了调动，但担心档案审核问题，建议您先查阅自己的档案，确认调动记录是否合规且完整。
- 如果发现档案中有违规记录或不确定的情况，及时与单位人事部门沟通，了解具体情况并寻求解决方案。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。