结论前置：异地扶贫搬迁安置房协议上仅盖有乡政府的公章，其合法性需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：

1. 协议主体与公章效力：

   • 一般来说，政府作为行政机关，其公章具有法律效力，代表政府的行为和意志。然而，在异地扶贫搬迁安置房协议中，关键在于乡政府是否具备签订此类协议的主体资格。
   • 如果乡政府是根据上级政府的授权或委托，代表政府进行扶贫搬迁安置工作，并有权签订相关协议，那么其公章在协议上的使用是合法的。
   • 如果乡政府未经授权或委托，擅自签订协议，则可能涉及越权行为，协议的合法性会受到质疑。

2. 协议内容与法律规定：

   • 异地扶贫搬迁安置房协议的内容必须符合相关法律法规的规定，如土地管理法、城乡规划法、扶贫政策等。
   • 如果协议内容违反了法律法规的强制性规定，即使盖有乡政府的公章，该协议也可能因违法而无效。

3. 协议签订程序：

   • 协议的签订应当遵循法定程序，如双方协商、达成一致意见、签订书面协议等。
   • 如果协议签订过程中存在程序瑕疵，如未经过充分协商、未达成一致意见就强行签订等，也可能影响协议的合法性。

4. 实际案例与司法实践：

   • 在实际案例中，法院会综合考虑协议的主体、内容、签订程序以及双方当事人的实际情况等因素，来判断协议的合法性。
   • 如果乡政府在签订协议时确实存在越权行为或协议内容违法，法院可能会认定协议无效，并要求双方重新协商或采取其他补救措施。

法律建议：

• 如果您对异地扶贫搬迁安置房协议的合法性有疑问，建议您首先查阅相关法律法规和政策文件，了解乡政府在扶贫搬迁安置工作中的职责和权限。
• 其次，您可以咨询当地政府或相关部门，了解协议签订的具体情况和背景信息。
• 如果您认为协议存在违法或不合理之处，您可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，如向法院提起诉讼或申请行政复议等。

可能法律后果：

• 如果协议被认定无效，双方可能需要重新协商签订新的协议，或者根据法院的判决采取其他补救措施。
• 如果因协议无效导致一方遭受损失，受损方有权要求过错方承担赔偿责任。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。