核心结论：承包集体果园合同丢失，法院的判决结果取决于合同实际履行情况、双方举证能力及法律规定，具体需分情况讨论。以下从法律实务角度为您详细分析：

1. 合同丢失不直接导致权利义务消灭

根据《民法典》第465条，依法成立的合同受法律保护，仅因合同文本丢失不影响合同本身的法律效力。若双方已实际履行合同（如承包方支付承包费、集体组织交付果园），法院会结合以下证据认定事实：

• 书面证据：如合同复印件、备案登记、公证文书等；
  
• 履行证据：付款凭证、果园管理记录、集体组织收款收据等；
  
• 证人证言：参与合同签订或履行过程的第三方（如村民代表、中间人）的证言；
  
• 其他证据：如录音录像、电子邮件、短信等电子数据。
  

实务建议：立即收集上述证据，形成完整证据链，证明合同关系存在及履行情况。

2. 法院可能判决的三种情形

（1）支持承包方主张（合同有效且继续履行）

若承包方能证明：

• 合同已实际履行多年，集体组织未提出异议；
  
• 承包费已按约定支付，集体组织接受且未主张解除；
  
• 果园由承包方实际管理经营。
  法院可能判决：确认合同有效，双方继续履行，集体组织配合补办手续或出具证明。

（2）驳回承包方主张（合同未履行或无效）

若集体组织能证明：

• 合同未实际履行（如承包方未支付费用、未管理果园）；
  
• 合同签订程序违法（如未经村民会议三分之二以上成员同意）；
  
• 承包方存在根本违约（如擅自转包、破坏果园）。
  法院可能判决：驳回承包方诉求，认定合同无效或已解除。

（3）部分支持或调整权利义务

若双方均有一定过错（如集体组织未妥善保管合同、承包方未及时催要），法院可能根据公平原则，调整承包期限、费用等条款，或判决集体组织承担部分赔偿责任。

3. 关键风险点与应对策略

• 诉讼时效：若涉及承包费支付纠纷，需注意《民法典》第188条规定的3年诉讼时效（自知道权利受损之日起算）；
  
• 举证责任：承包方需主动举证合同关系及履行情况，否则可能承担败诉风险；
  
• 合同补救：可尝试与集体组织协商补签合同或出具书面证明，降低诉讼难度。

总结：合同丢失不必然导致败诉，但需积极收集证据证明合同关系及履行事实。具体判决结果需结合证据充分性、合同合法性及双方过错程度综合判断。若您面临此类纠纷，可进一步提供合同签订背景、履行细节等，我将为您制定针对性诉讼策略。