在承包果园期间，果树被他人损坏，赔偿款原则上应归果园的承包方所有。以下是对此问题的详细分析：
一、法律责任与赔偿依据
根据《中华人民共和国民法典》第一千一百八十四条的规定，侵害他人财产的，财产损失应按照损失发生时的市场价格或其他合理方式计算。在果园承包期间，果树作为承包方的财产，其损坏应由侵权人承担民事赔偿责任。若损坏行为同时触犯刑法或治安管理法规，侵权人还可能面临刑事责任或行政处罚。
二、赔偿金额的确定
赔偿金额的确定需综合考虑多个因素，包括但不限于：
果树本身价值：
- 幼苗期：赔偿金额应包括幼苗购买成本、运输费、种植人工费等直接投入。
- 初果期：除考虑前期投入外，还需结合预期收益，即果树当前及未来几年的预计产量与市场售价的乘积。
- 盛果期：赔偿应涵盖果树的市场价值、剩余经济寿命内的预期收益，并参考同类果树的市场交易价格。
其他损失：
- 包括因果树损坏导致的间接损失，如错过销售季节、影响果园整体经营规划所产生的额外费用和收入减少。
- 若损坏行为破坏了生态环境或影响了果园承包方的正常生产经营，相关损失也应计入赔偿范围。
三、赔偿方式的选择
双方协商：
- 首选方式，通过友好沟通达成赔偿协议，明确赔偿金额、支付方式等细节。这种方式灵活、高效，有助于维护双方的关系。
第三方评估：
- 当双方对赔偿金额有争议时，可共同委托专业农业评估机构进行评估，以评估报告作为赔偿依据。这种方式具有客观性和专业性，有助于解决争议。
诉讼途径：
- 若协商和评估均无法解决纠纷，果园承包方可向人民法院提起诉讼，由法院根据证据和法律规定进行判决。这种方式具有强制性和权威性，但可能耗时较长，成本较高。
四、赔偿协议的签订与执行
- 在确定赔偿金额后，双方应签订书面赔偿协议，详细列明赔偿内容、金额、支付方式、支付时间等条款。
- 协议签订后，赔偿方应按约定履行赔偿义务，确保果园承包方的合法权益得到保障。若赔偿方不履行义务，果园承包方可依法申请强制执行。
五、特殊情况下的赔偿归属
- 如果果园的承包合同中有特别约定，比如果树损坏后的赔偿款归属问题，那么应按照合同约定执行。
- 如果果园的承包权与果树的所有权存在分离情况（如承包方仅承包土地，果树归发包方所有），则赔偿款的归属可能需要根据合同约定或实际情况进行判断。但通常情况下，在承包期间内，果树作为承包方经营管理的对象，其损坏赔偿款应归承包方所有。
总结与建议：在承包果园期间，果树被他人损坏时，赔偿款原则上应归果园的承包方所有。赔偿金额的确定需综合考虑果树本身价值和其他损失等因素。赔偿方式可通过协商、评估或诉讼等途径解决，并最终以书面协议的形式固定下来。若遇到特殊情况或争议，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。