结论：法院判决小客车指标合同无效后，车牌子是否会被收回需视具体情况而定，但通常情况下，由于指标与车辆紧密相关，且合同无效可能导致指标的返还或重新分配，因此存在车牌子被收回的可能性。以下从不同角度进行详细分析：

一、合同无效的法律后果

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的合同自始没有法律约束力。这意味着，如果法院判决小客车指标合同无效，那么该合同从一开始就不具备法律效力，双方基于该合同所取得的财产应当予以返还。在小客车指标合同中，这通常涉及到指标的返还问题。

二、车牌子与指标的关系

车牌子（即车辆牌照）是车辆合法上路行驶的凭证，而小客车指标则是获得车牌子的前提条件。在大多数情况下，车牌子是与特定的小客车指标紧密绑定的。因此，如果合同无效导致指标需要返还，那么与之相关的车牌子也可能面临被收回的风险。

三、具体情形分析

1. 指标已使用且车辆已上牌：

   • 如果合同无效时，指标已经被使用且车辆已经上牌，那么车牌子是否会被收回将取决于多个因素，包括但不限于指标的来源、合同无效的原因、以及当地交通管理部门的具体规定等。
   • 在某些情况下，如果指标是通过非法手段获得的，或者合同无效是由于一方当事人的欺诈、胁迫等行为导致的，那么交通管理部门可能会撤销车牌子，并要求车辆重新申请合法的指标。

2. 指标未使用或车辆未上牌：

   • 如果合同无效时，指标尚未被使用或者车辆尚未上牌，那么车牌子被收回的可能性相对较大。因为此时指标尚未与车辆形成紧密的绑定关系，交通管理部门可以更容易地撤销或重新分配指标。

四、建议与措施

1. 了解当地政策：由于不同地区的交通管理部门对于小客车指标和车牌子的管理政策可能存在差异，因此建议您首先了解当地的具体规定和政策导向。
2. 咨询相关部门：如果您对车牌子是否会被收回存在疑虑，可以咨询当地的交通管理部门或车辆管理所，以获取更准确的信息和指导。
3. 保留相关证据：在处理此类问题时，建议您保留好与合同无效相关的所有证据和文件，以便在需要时提供证明或进行维权。

最后，需要强调的是，由于法律问题的复杂性和多样性，每个具体案件的情况都可能有所不同。因此，如果您面临类似的问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细和专业的法律建议。