自收自支事业单位改制时，合同工的权益保障需根据改制性质、劳动合同约定及法律法规综合判断，核心结论如下：

1. 改制性质决定处理方式

• 转为国有企业或公司制企业：若改制后单位性质变为企业，原合同工的劳动关系原则上延续，但需重新签订劳动合同（根据《劳动合同法》第三十四条）。若单位未依法续签或变更合同，员工可主张经济补偿（工作满1年支付1个月工资）。
• 撤销或合并单位：若单位因改制被撤销，劳动合同终止，员工可依据《劳动合同法》第四十四条、第四十六条要求经济补偿（标准同上）。若合并至新单位，劳动关系自动转移，无需补偿。

2. 劳动合同条款是关键依据

• 合同期限未满：改制不影响合同效力，单位需继续履行至期满，或与员工协商解除并支付补偿。
• 合同到期或约定改制情形：若合同明确约定改制为终止条件，单位可依法终止合同，但需支付补偿；若无约定，单位单方终止可能构成违法解除，员工可主张赔偿金（经济补偿的2倍）。

3. 员工权益保障的法定底线

• 经济补偿计算：按员工在单位工作年限，每满1年支付1个月工资（6个月以上按1年计，不满6个月支付半个月工资）。月工资高于当地社平工资3倍的，按3倍封顶计算。
• 优先留用权：根据《劳动合同法》第四十一条，改制中需裁员时，应优先留用与本单位订立较长期限固定期限合同、无固定期限合同，或家庭无其他就业人员且有需扶养家属的员工。
• 社会保险衔接：改制期间，单位必须为员工缴纳社保至劳动关系终止或转移之日，避免断缴影响权益。

4. 特殊情形处理建议

• 工伤或职业病员工：改制不影响工伤待遇，新单位需承继原单位责任，员工可要求一次性伤残就业补助金（若解除合同）。
• 孕期、产期、哺乳期女职工：改制中不得以经济性裁员为由解除合同，合同期满需顺延至相应情形消失。
• 内部退养员工：若改制方案明确保留内部退养政策，员工可按原约定享受待遇；若无约定，单位需协商解决或依法支付补偿。

5. 员工行动建议

• 核查合同与改制文件：要求单位出示改制方案、劳动合同变更协议等文件，明确自身权益。
• 协商与书面确认：与单位协商补偿方案时，务必要求书面确认，避免口头承诺无法兑现。
• 申请劳动仲裁：若单位拒不支付补偿或违法解除合同，可在1年内向劳动仲裁委申请仲裁，主张权益。

提示：改制涉及复杂法律程序，建议员工在单位公布改制方案后，及时核对自身劳动合同、工龄、社保缴纳等关键信息，必要时可向我进一步咨询具体操作细节。