事业单位裁撤部门时，在编人员的处理方式主要取决于裁撤的具体原因、相关法律法规以及单位与员工之间的协商情况。以下是从不同角度给出的详细解答：

1. 依据法律法规处理：

   • 根据《事业单位人事管理条例》等相关法律法规，事业单位在裁撤部门或进行人员调整时，应当遵循合法、公正、公平、公开的原则，保障员工的合法权益。
   • 如果裁撤部门是由于单位改革、机构调整等客观原因造成的，且非员工个人原因导致，那么单位应当按照法律法规的规定，给予员工相应的经济补偿或安排其他合适的岗位。

2. 协商与安置：

   • 事业单位在裁撤部门前，应当与员工进行充分的协商，了解员工的意愿和需求，尽量达成双方都能接受的安置方案。
   • 安置方案可能包括转岗、培训、离职补偿等多种形式。单位应当根据员工的实际情况和单位的需求，制定合理的安置计划。
   • 如果员工同意转岗，单位应当为员工提供必要的培训和支持，确保员工能够适应新的工作岗位。
   • 如果员工选择离职，单位应当按照法律法规的规定，给予员工相应的经济补偿，包括但不限于工资、奖金、津贴、补贴等福利待遇的结算，以及可能的离职补偿金。

3. 特殊情况处理：

   • 对于某些特殊岗位或特殊情况的员工，如孕期、产期、哺乳期的女职工，或者因工致残的员工等，单位在裁撤部门时应当给予特别的关照和保护。
   • 这些员工可能享有特殊的权益和保障，如不得随意解除劳动合同、享受额外的经济补偿等。单位应当严格遵守相关法律法规的规定，确保这些员工的合法权益不受侵害。

4. 法律救济途径：

   • 如果员工对单位的裁撤决定或安置方案有异议，可以通过法律途径维护自己的权益。
   • 员工可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。如果对仲裁结果不服，还可以向人民法院提起诉讼。

在处理事业单位裁撤部门时在编人员的问题时，建议单位与员工保持充分的沟通和协商，尽量达成双方都能接受的解决方案。同时，单位也应当严格遵守相关法律法规的规定，确保员工的合法权益得到保障。如果您或您身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。