企业在此情况下确实需要承担相应的责任。以下从几个方面进行详细分析：

一、合同履行责任

企业与荒山承包合同的相对方（如政府或集体组织）之间存在明确的合同关系。根据合同法的原则，合同双方应当按照约定全面履行自己的义务。企业明知未履行完荒山承包合同，却仍然使用林权证进行抵押，这明显违反了合同中的诚实信用原则和全面履行原则。如果因此给合同相对方造成损失，企业应当承担违约责任，包括赔偿损失等。

二、抵押担保责任

1. 抵押权的有效性：林权证作为抵押物，其抵押权的设立需要满足一定的法律条件，包括抵押物的合法性、抵押人的处分权等。如果企业未履行完荒山承包合同，其对林权证所代表的林权可能存在瑕疵或争议，这将直接影响抵押权的有效性。

2. 抵押人的责任：作为抵押人，企业有义务确保抵押物的合法性和无争议性。如果因抵押物存在争议或瑕疵导致抵押权无法实现，抵押人（即企业）应当承担相应的责任，包括但不限于赔偿抵押权人因此遭受的损失。

三、法律后果与责任承担

1. 合同相对方的救济：合同相对方可以依据合同法的规定，要求企业继续履行合同、采取补救措施或赔偿损失等。如果企业拒绝履行或无法履行，合同相对方还可以通过法律途径寻求救济，如提起诉讼或申请仲裁等。

2. 抵押权人的权益保护：抵押权人可以依据担保法的规定，要求企业承担抵押担保责任。如果抵押权因抵押物存在争议或瑕疵而无法实现，抵押权人还可以要求企业提供其他担保或赔偿损失等。

3. 行政处罚与刑事责任：如果企业的行为违反了相关行政法规或刑事法律的规定，还可能面临行政处罚或刑事责任。例如，如果企业通过欺诈手段获取林权证并进行抵押，可能构成诈骗罪等刑事犯罪。

四、建议与措施

1. 企业应尽快履行合同义务：为了避免进一步的法律纠纷和损失，企业应尽快与合同相对方协商解决荒山承包合同的履行问题，确保合同的全面履行。

2. 与抵押权人沟通协商：企业应积极与抵押权人沟通协商，说明情况并寻求解决方案。如果可能的话，可以提供其他担保或协商变更抵押物等。

3. 寻求法律帮助：如果企业无法自行解决上述问题或面临法律纠纷时，应及时寻求专业律师的法律帮助，以便更好地维护自己的合法权益。

总结来说，企业明知未履行完荒山承包合同还用林权证抵押且林权发生争议的情况下，确实需要承担相应的责任。这包括合同履行责任、抵押担保责任以及可能面临的行政处罚和刑事责任等。因此，企业应尽快采取措施解决问题并寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。