结论前置：协议离婚后，抚养权在一定条件下确实可以通过起诉进行变更。无论是否已达成抚养协议，只要符合法定条件，一方均可向法院提起诉讼，要求重新确定子女的抚养关系。
法律依据与详细分析
变更抚养关系的法律依据：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第五十五条，离婚后，父母任何一方均有权要求变更子女抚养关系，并需通过另行提起诉讼的方式实现。这一规定为协议离婚后抚养权的变更提供了明确的法律依据。
变更抚养关系的法定情形：
- 严重疾病或伤残：如果与子女共同生活的一方因患严重疾病或伤残无力继续抚养子女，例如长期卧床无法自理，法院将支持变更抚养权。
- 不尽抚养义务或虐待行为：若直接抚养方未尽抚养义务、有虐待子女行为，或与子女共同生活对子女身心健康产生不利影响，如经常打骂孩子、忽视孩子生活学习等，另一方起诉变更抚养权时，法院通常会予以支持。
- 子女意愿：已满八周岁的子女，若明确表示愿随另一方生活，且该方具备抚养能力，法院会考虑变更抚养权，尊重孩子的真实意愿。
- 其他正当理由：包括但不限于直接抚养方的生活环境发生重大变化，严重不利于孩子成长等情形，也可作为变更抚养权的理由。例如，直接抚养方因工作变动需要长期出差，无法给予孩子足够的陪伴和照顾。
协议后的变更：
- 即使双方已就抚养权达成协议，但若一方认为协议不公平或孩子的最佳利益未得到保障，仍有权向法院提起诉讼，要求重新确定抚养权。法院在受理此类案件时，会综合考虑父母双方的抚养能力、孩子的年龄和意愿等多方面因素，以作出最有利于孩子的判决。
起诉流程与注意事项
- 确定管辖法院：通常向被告住所地法院提交起诉状和相关证据材料。如果被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。
- 准备证据：证据材料应包括但不限于证明对方不适合继续抚养孩子的证据（如医院诊断证明、报警记录、孩子意愿的表达等）以及自己有能力抚养孩子的证据（如收入证明、居住环境证明等）。这些证据将有助于法院全面了解案件情况，作出公正判决。
- 法院审理：法院会根据双方提供的证据和具体情况进行审理，并依法作出判决。在审理过程中，法院可能会询问孩子的意愿，或者委托专业机构对孩子的生活环境、心理状况等进行评估。
可能的法律后果
- 如果法院支持了变更抚养权的诉讼请求，原抚养协议中的相关条款将被修改或撤销，新的抚养关系将依法确立。
- 如果法院未支持变更抚养权的诉讼请求，则原抚养协议继续有效，双方需继续按照协议履行抚养义务。
进一步建议
- 在提起诉讼前，建议双方先尝试协商解决抚养权变更问题。如果能够达成一致意见，可以签订书面协议并办理相关手续，避免不必要的法律纠纷。
- 如果协商无果，再考虑向法院提起诉讼。在诉讼过程中，要尊重法院的判决结果，并积极履行抚养义务，确保孩子的健康成长。
综上所述，协议离婚后抚养权的变更并非一成不变，而是可以根据实际情况和法律规定进行起诉和调整。无论是基于法定情形还是协议后的情况变化，只要符合孩子的最佳利益，法院均有可能支持抚养权的变更请求。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。