结论：员工没有提加班申请但实际有来上班，是否可以用调休代替加班费，不能一概而论，需分情况讨论。

1. 若加班符合公司规定且公司同意调休

   • 法律背景：根据《劳动法》及相关规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。对于加班，用人单位应当按照规定支付加班费，但在特定情况下，如双方协商一致，且符合公司规章制度，可以用调休来替代加班费支付。
   • 具体分析：如果员工虽然未提前提交加班申请，但实际加班行为得到了公司的认可（例如，公司事后确认了加班事实，或者加班是为了完成公司紧急任务等），并且公司规章制度中明确规定了可以用调休代替加班费，同时双方也达成了合意，那么在这种情况下，用调休代替加班费是合法的。

2. 若加班不符合公司规定或公司不同意调休

   • 法律背景：同样依据《劳动法》，劳动者有获得劳动报酬的权利，加班费是劳动者因加班而应得的额外报酬。如果公司规章制度中未规定可以用调休代替加班费，或者虽然规定了但员工不同意调休，那么公司应当支付加班费。
   • 具体分析：如果员工未提加班申请且公司不认可其加班行为，或者公司规章制度中明确禁止用调休代替加班费，或者员工明确表示不同意调休而要求支付加班费，那么公司不能单方面决定用调休代替加班费，否则将构成违法。

3. 特殊情况下的考虑

   • 法定假日加班：在法定假日加班的情况下，根据《劳动法》的规定，用人单位应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬，且不能用调休来替代。因此，即使员工未提加班申请，但如果是在法定假日加班，公司也必须支付加班费。
   • 未签劳动合同或合同条款不明确：如果员工与公司未签订劳动合同，或者劳动合同中未明确约定加班费支付方式，那么根据《劳动合同法》的相关规定，员工有权要求公司按照法律规定支付加班费，此时用调休代替加班费可能缺乏法律依据。

建议：

• 对于员工而言，如果加班后希望获得加班费或调休，建议及时与公司沟通并确认加班事实及补偿方式，保留好相关证据（如加班记录、工作成果等）。
• 对于公司而言，应当建立完善的加班管理制度，明确加班申请、审批、补偿等流程，避免因加班问题引发劳动纠纷。同时，在与员工协商加班补偿方式时，应充分尊重员工的意愿，确保合法合规。

可能法律后果：

• 如果公司违法用调休代替加班费，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司支付加班费及可能的经济补偿。
• 如果员工恶意加班或虚构加班事实以获取不当利益，公司也有权依据规章制度对其进行处理，甚至追究其法律责任。