结论：法院判决商品房买卖合同无效后，与之相关的不动产登记通常是可以撤销的，但在特定情况下也可能涉及注销或变更登记，具体取决于实际情况和登记机构的审核结果。
法律背景与依据：
合同效力与物权登记独立性：
- 根据《中华人民共和国民法典》第二百一十五条，合同效力与物权登记效力是相互独立的。合同无效并不影响物权登记的效力本身，但合同无效会导致基于该合同完成的不动产登记失去合法性基础。
无效合同的法律后果：
- 《民法典》第一百五十五条规定，无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。这意味着，一旦合同被认定为无效，其自始不产生法律效力，包括基于该合同进行的不动产登记。
- 《民法典》第一百五十七条进一步规定，民事法律行为无效后，行为人因该行为取得的财产应当予以返还。在商品房买卖合同无效的情况下，买受人应返还房屋，出卖人应返还购房款，这通常涉及不动产登记的变更或撤销。
实务操作流程与可能情况：
撤销登记：
- 利害关系人（如合同当事人、不动产真正权利人）需向不动产登记机构提出撤销登记的申请，并提交证明合同无效的法律文书（如法院生效判决书、仲裁裁决书）等相关材料。
- 不动产登记机构收到申请后，将对提交的材料进行审核，核实合同无效的事实及与不动产登记的关联性。如材料齐全、事实清楚且符合撤销条件，不动产登记机构将依法作出撤销不动产登记的决定，并更新不动产登记簿的记载。
注销登记：
- 在某些特定情况下，如不动产登记存在错误且无法通过更正登记纠正时，可能涉及注销登记。但这种情况在商品房买卖合同无效的场景下相对较少见，因为通常可以通过撤销登记来恢复原状。
变更登记：
- 如果合同无效后，双方当事人就房屋返还或重新交易等事项达成一致，并需要更新不动产登记簿的记载时，可能涉及变更登记。例如，买受人将房屋返还给出卖人后，出卖人需要重新成为房屋的所有权人，此时应办理变更登记手续。
特殊情况处理：
- 善意第三人保护：若不动产已被转让给善意第三人并完成登记，为保护交易安全和善意第三人的合法权益，可能无法直接撤销登记。此时，原买受人需通过折价补偿等方式赔偿原出卖人。
- 行政程序复杂性：撤销不动产登记涉及行政程序，需遵循一定期限、步骤和方式，不同地区可能存在差异。因此，在处理过程中需特别注意行政程序的复杂性。
法律建议：
- 在遇到商品房买卖合同无效导致不动产登记需要撤销、注销或变更的情况时，建议当事人及时咨询专业律师，了解具体法律程序和操作流程。
- 当事人应积极配合不动产登记机构的审核工作，提供完整、真实的材料，以加快处理进度并确保处理结果的合法性和合理性。
- 在处理过程中，当事人应特别注意保护自己的合法权益，避免因操作不当或忽视法律程序而导致不必要的损失。
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