结论：法院判决商品房合同无效后，是可以办理注销合同的，但需要遵循一定的法律程序和规定。
法律背景与依据：
合同无效的法律后果：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十七条，民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还。这意味着，一旦商品房合同被判决无效，合同双方需要恢复到合同签订前的状态，包括返还已支付的款项和财产。
注销合同的具体操作：
- 在商品房合同被判决无效后，合同双方应首先进行财产的清算和返还。对于购房者而言，如果已支付了购房款，有权要求出卖人返还。同时，如果合同涉及贷款，购房者还有权依据《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第二十条的规定，请求解除与之相关的商品房担保贷款合同。
- 在完成财产清算和返还后，合同双方可以共同向相关部门（如房地产登记机构）申请注销原商品房合同。这一过程中，可能需要提供法院判决无效的相关法律文书作为证明。
特殊情况下的处理：
- 如果商品房合同被判决无效后，出卖人拒绝返还购房款或购房者拒绝返还房屋，另一方可以通过法律途径申请强制执行，以确保自身权益得到实现。
- 另外，如果合同无效是由于出卖人的欺诈、胁迫等违法行为导致的，购房者还可以要求出卖人承担相应的赔偿责任。
法律建议：
及时咨询并保留证据：
- 在发现商品房合同可能无效时，购房者应及时咨询专业律师（即我，马新丽律师，专注于合同纠纷、公司事务领域），了解自身权益和可能的法律后果。
- 同时，购房者应保留好与合同相关的所有证据，如合同文本、付款凭证、沟通记录等，以便在后续的法律程序中证明自己的主张。
遵循法律程序：
- 在办理注销合同的过程中，购房者应严格遵循法律程序和规定，确保每一步都合法合规。
- 如果遇到出卖人拒绝配合或存在其他纠纷的情况，购房者应及时向法院提起诉讼或申请强制执行，以维护自身权益。
注意风险防范：
- 在签订商品房合同时，购房者应仔细审查合同条款和出卖人的资质信誉等情况，避免签订无效或存在风险的合同。
- 如果对合同条款存在疑问或不确定的地方，购房者应及时向专业律师咨询并寻求帮助。
可能法律后果：
- 如果购房者未按照法律程序办理注销合同或未及时维护自身权益，可能会导致财产损失或法律纠纷的延续。
- 相反，如果购房者能够积极采取措施并遵循法律程序办理注销合同，则能够有效地维护自身权益并避免不必要的法律风险。
综上所述，法院判决商品房合同无效后是可以办理注销合同的，但需要购房者积极采取措施并遵循法律程序和规定。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。