医院调查本院员工直属关系本身并不违法，但需遵循合法、正当、必要的原则，并确保不侵犯员工隐私权等合法权益。以下从多个角度对此问题进行分析：

1. 医院调查员工直属关系的合法性基础：

   • 医院作为用人单位，有权对员工的基本情况进行了解和管理，包括员工的直属关系。这种调查通常是为了更好地进行人力资源管理、确保工作安排的合理性以及维护医院内部的正常秩序。
   • 然而，医院在调查员工直属关系时，必须遵守相关法律法规，如《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及《中华人民共和国个人信息保护法》等，确保调查行为的合法性。

2. 调查过程中的注意事项：

   • 合法性原则：医院在调查员工直属关系时，应确保调查手段合法，不得采取非法手段如窃听、偷拍等侵犯员工隐私权的行为。
   • 正当性原则：调查应出于正当目的，如为了合理安排工作、解决内部矛盾等，而非出于恶意或非法目的。
   • 必要性原则：医院应仅调查与工作直接相关的信息，避免过度收集员工个人信息，确保调查的必要性。
   • 隐私权保护：医院在调查过程中应严格保护员工的隐私权，不得将调查结果随意泄露给第三方，除非法律另有规定或经员工同意。

3. 可能涉及的违法情形：

   • 如果医院在调查过程中违反了上述原则，如采取非法手段、侵犯员工隐私权等，则可能构成违法行为。
   • 例如，如果医院未经员工同意，擅自查阅其私人通信或监控其私人活动，就可能侵犯员工的隐私权，需要承担相应的法律责任。

4. 法律后果与应对措施：

   • 如果医院在调查员工直属关系过程中存在违法行为，员工有权向相关部门投诉或提起诉讼，要求医院承担相应的法律责任。
   • 医院在接到投诉或诉讼后，应积极配合调查，如实说明情况，并采取措施纠正违法行为，以减轻或避免法律责任。

建议：

• 医院在调查员工直属关系时，应制定明确的调查程序和规范，确保调查行为的合法性和正当性。
• 医院应加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识，避免在调查过程中侵犯员工的合法权益。
• 如果员工对医院的调查行为有异议或认为自己的权益受到侵犯，应及时向医院提出申诉或寻求法律援助。

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