结论：连锁药店老板用营业款给员工发工资，这一行为是否合法，取决于多个因素，包括公司财务制度、资金来源的合法性以及是否符合相关法律法规等。一般情况下，若营业款属于公司合法收入，且公司财务制度允许，同时符合税收等相关法律法规，则用营业款发工资是合法的；但若存在挪用资金、偷逃税款等违法行为，则是不合法的。
分析说明：
公司财务制度角度：
- 正规的公司通常会有明确的财务制度，规定工资的发放方式和资金来源。如果公司财务制度允许使用营业款来支付工资，并且这一做法在公司内部得到了妥善的记录和审批，那么从公司内部管理的角度来看，这一行为是合法的。
资金来源合法性角度：
- 营业款作为公司的主要收入来源，必须确保其合法性。如果营业款是通过合法经营获得的，那么使用这部分资金来支付工资是合理的。然而，如果营业款中存在非法所得，如通过欺诈、偷税漏税等手段获取，那么使用这部分资金来支付工资就是违法的。
税收法律法规角度：
- 公司在发放工资时，需要按照国家税收法律法规的规定，代扣代缴员工的个人所得税。如果公司使用营业款支付工资，但未依法履行税收义务，如偷逃税款，那么这一行为就是违法的。
挪用资金风险角度：
- 如果公司老板未经合法程序，擅自将营业款用于支付工资，而这部分资金原本应用于其他合法用途（如偿还债务、支付供应商款项等），那么这种行为可能构成挪用资金，是违法的。
法律建议：
- 确保资金来源合法：药店老板应确保营业款的合法性，避免使用非法所得来支付工资。
- 遵守公司财务制度：按照公司财务制度的规定来支付工资，确保内部管理的规范性和透明度。
- 依法履行税收义务：在发放工资时，依法代扣代缴员工的个人所得税，避免偷逃税款。
- 避免挪用资金：不要擅自将营业款用于非法定用途，以免构成挪用资金等违法行为。
后续行动：
- 如果药店老板对工资发放方式存在疑问或担忧，建议咨询专业的财务或法律人士，以确保公司运营的合法性和合规性。
- 药店应建立健全的财务制度，明确工资发放方式和资金来源，并加强内部监督和管理，以防范潜在的法律风险。
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