总部代收加盟商所有流水是否合法，不能一概而论，需根据具体情况和法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度：
- 如果总部与加盟商在加盟合同中明确约定了总部有权代收加盟商的所有流水，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，也不损害加盟商的合法权益，那么这种代收行为在合同层面是合法的。
- 然而，如果合同中没有明确约定，或者约定不明确，总部擅自代收加盟商流水就可能构成违约行为，加盟商有权要求总部停止代收并返还流水。
法律法规角度：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，民事主体从事民事活动应当遵循自愿、公平、诚实信用的原则。总部代收加盟商流水，如果未经加盟商同意，或者违反了法律法规的强制性规定（如未经许可从事金融业务等），就可能构成违法行为。
- 特别是如果总部代收流水后，未按照约定或法律规定将流水及时、足额地返还给加盟商，或者挪用、侵占加盟商的流水，就可能构成侵占、挪用资金等违法行为，需要承担相应的法律责任。
实际操作角度：
- 在实际操作中，总部代收加盟商流水可能涉及资金管理、税务申报等多个方面。如果总部没有完善的资金管理制度和税务申报流程，就可能导致资金混乱、税务违规等问题，给加盟商和总部都带来不必要的法律风险。
- 因此，即使合同中有约定总部可以代收流水，总部也需要确保代收行为的合法性和合规性，包括建立完善的资金管理制度、确保资金的安全和及时返还、按照法律规定进行税务申报等。
法律建议：
- 对于加盟商而言，在签订加盟合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于资金代收、返还等方面的约定，确保自己的合法权益得到保障。
- 对于总部而言，如果确实需要代收加盟商的流水，应在合同中明确约定代收的范围、方式、时间等条款，并建立完善的资金管理制度和税务申报流程，确保代收行为的合法性和合规性。
- 如果双方在代收流水问题上发生争议，应及时通过协商、调解或诉讼等方式解决，避免争议扩大化或引发不必要的法律风险。
可能法律后果：
- 如果总部未经加盟商同意擅自代收流水，或者违反法律法规的强制性规定代收流水，可能面临加盟商的违约诉讼、行政处罚甚至刑事责任等法律后果。
- 如果加盟商因总部代收流水而遭受损失，有权要求总部承担赔偿责任。
总之，总部代收加盟商所有流水是否合法，需根据具体情况和法律规定来判断。双方在签订加盟合同时应明确约定相关条款，并在实际操作中确保代收行为的合法性和合规性。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师。