结论：担保人两年后才还款是否需要支付滞纳金，需根据担保合同的具体约定、主债务合同条款以及相关法律规定综合判断，可能存在以下两种情况：

1. 若担保合同或主债务合同明确约定了滞纳金条款
   若合同中明确约定了“债务人逾期未还款时，担保人承担还款责任后需支付滞纳金”，或直接约定了担保人代偿后的违约责任（如按日计算违约金），则担保人需按合同约定支付滞纳金。此时需注意：

   • 滞纳金标准需符合《民法典》及司法解释对违约金过高的调整规则（如超过LPR四倍的部分可能被调减）；
     
   • 若合同未区分债务人逾期与担保人代偿逾期的责任，可能需结合合同目的解释条款适用范围。

2. 若合同未约定滞纳金，但担保人代偿后存在实际损失
   根据《民法典》第685条及担保制度司法解释，担保人承担责任后有权向债务人追偿，但追偿范围原则上以主债务本金、利息及实现债权费用为限。若担保人因延迟代偿产生额外损失（如资金占用利息），可主张：

   • 按同期LPR计算资金占用费（自代偿之日起算）；
     
   • 若能证明债务人存在恶意逃债行为，可能适用惩罚性赔偿（需具体证据支持）。

实务建议：

• 立即核查担保合同及主债务合同文本，重点标注“违约责任”“代偿后处理”等条款；
  
• 收集代偿凭证（如转账记录、债权人确认书）及债务人失联证据（如公告送达记录）；
  
• 若滞纳金约定过高，可在诉讼中主张调减；若未约定，可同步主张资金占用利息；
  
• 考虑同步起诉债务人及反担保人（如有），扩大追偿主体范围。

风险提示：
若担保人未在保证期间内主张权利，或主债务已过诉讼时效，可能丧失追偿权，建议尽快通过法律程序固定债权。如有具体合同文本或案件细节，可进一步向我提供，我将结合证据链为您制定追偿方案。