核心结论：担保人还了两年的钱后，可依据具体情况通过与借款人协商、向借款人追偿、起诉借款人或共同借款人（如有）、主张免责（若存在法定或约定免责事由）等方式来维护自身权益。以下是具体情况的分析：

1. 与借款人协商
   • 若借款人被抓后仍有偿还能力（例如其被抓不涉及经济犯罪，且个人财产未被全部查封、冻结，或者后续有合法收入来源等），担保人可先与借款人或其家属进行友好协商，要求借款人偿还担保人已代为偿还的款项。在协商过程中，要明确还款金额、还款时间、还款方式等关键条款，最好能形成书面的还款协议，以保障自身权益。例如，担保人可以提出让借款人在出狱后的一定期限内，按照每月固定金额分期偿还已代偿的款项。
2. 向借款人追偿
   • 根据法律规定，担保人承担担保责任后，有权向借款人追偿。如果协商无果，担保人可以直接向借款人主张权利。即使借款人被抓，其民事权利能力并不因此丧失，担保人仍可要求其履行还款义务。担保人可以通过发送律师函等方式，正式向借款人表明追偿的意愿和要求，给借款人一定的压力，促使其还款。
3. 起诉借款人或共同借款人（如有）
   • 若借款人拒绝还款，担保人可以向法院提起诉讼。在起诉时，需要准备好相关证据，如借款合同、担保合同、还款凭证等，以证明自己与借款人之间的借贷及担保关系，以及自己已经代借款人偿还了款项的事实。如果借款合同中有共同借款人，担保人可以将借款人和共同借款人一并列为被告，要求他们共同承担还款责任。法院会根据事实和法律规定进行审理，如果判决担保人胜诉，借款人或共同借款人就需要按照判决履行还款义务。
4. 主张免责（若存在法定或约定免责事由）
   • 如果担保人承担担保责任是基于一些特殊情况，且存在法定或约定的免责事由，担保人可以主张免除部分或全部责任。例如，如果借款人与债权人恶意串通，骗取担保人提供担保，损害担保人利益的，担保人不承担民事责任。又如，如果担保合同中约定了某些条件下担保人可以免责，当这些条件成就时，担保人可以依据约定主张免责。但担保人需要承担举证责任，证明存在免责事由。

特殊情况说明：如果借款人被抓是因为涉及经济犯罪，且其财产被依法查封、冻结或没收，担保人在追偿时可能会面临一定困难。此时，担保人可以关注借款人的财产处置情况，在符合法律规定的情况下，向相关执行部门申报债权，参与财产分配。但这种情况下，担保人能否全额追回代偿款项存在不确定性。

行动建议：担保人在处理此类问题时，要及时收集和保存相关证据，如还款记录、沟通记录等。如果情况复杂，建议咨询专业律师，制定合适的维权策略。如果你还有其他疑问，欢迎继续向我咨询。